Рассматриваются теоретико-методологические положения, метод и примеры интегральной оценки экологического статуса водоемов. Под экологическим статусом (ЭС) понимается эмерджентное (интегративное) свойство водного объекта, характеризующее сочетание его способностей: 1 - продуцировать органическое вещество (продукционный потенциал, трофность, трофический статус); 2 – изменять химический и биологический состав, качество и токсическое загрязнение воды; 3 –сохранять потенциальную устойчивость (устойчивость к изменению физико-географических параметров, климатических особенностей, гидрологического режима). В качестве методов интегральной оценки использовались: метод сводных показателей (композитных индексов) и метод рандомизированных сводных показателей (с использованием системы поддержки принятия решений "АСПИД-3W" - многокритериальная оценка вероятностей на основе экспертных нечисловых, неточных и неполных знаний). На основе формулировки и проверки ряда гипотез рассматривается совершенствование технологии построения интегральных показателей экологического статуса (ИПЭС). Формулируется представление о «норме воздействия» на водную экосистему. Предложена методика оценки нормы воздействия и/или проверки допустимости воздействия на основе сравнения ИПЭС до и после воздействия. ИПЭС после воздействия рассчитываются в примерах на основе гипотетических сценариев или по результатам имитационного моделирования водных экосистем. Рассмотрены этапы оценки воздействия на водную экосистему на основе сочетания методов имитационного моделирования и метода сводных показателей.