Статья посвящена ключевым проблемам финансирования высшего профессионального образования в России на современном этапе ее реформирования. На основе анализа зарубежного и отечественного опыта финансирования высшего образования, а также с учетом требований Федерального закона от 8 мая 2010 года № 83-ФЗ и Указов Президента России от 7 мая 2012 года № 597 и № 599, представлен авторский подход к реализации модели нормативно-подушевого финансирования государственных образовательных услуг в российской высшей школе. Приведены примеры использования данного подхода для расчёта затрат на реализацию образовательных программ в системообразующих вузах России. Обоснованы и сформулированы предложения по уточнению нормативно-правовых актов, регулирующих деятельность системообразующих вузов России в части порядка их финансирования.