В статье рассматриваются вопросы изучения низкомолекулярных органических соединений (вторичных метаболитов) водных макрофитов в связи с возможностью их использования для контроля цианобактериальных и водорослевых «цветений». Особое внимание уделено явлению аллелопатии и его применению в рамках метода метаболитного контроля развития фитопланктона во внутренних водоемах.