В статье рассматривается проблема измерения эффективности деятельности медицинских организаций. Критически проанализирован принятый в Санкт-Петербурге порядок оценки эффективности городских лечебно-профилактических учреждений, который был установлен 5 ноября 2013 г. распоряжением Комитета по здравоохранению Санкт-Петербурга № 439-р «Об утверждении показателей и критериев для оценки эффективности государственных учреждений здравоохранения Санкт-Петербурга, их руководителей и сотрудников». Предложен альтернативный подход к оценке эффективности деятельности медицинских организаций, основанный на анализе границ производственных возможностей методом свертки данных. Одной из отличительных черт данного подхода является учет нежелательного результата деятельности медицинских организаций (количество некачественно пролеченных пациентов). Проанализированы полученные оценки эффективности деятельности государственных стационаров Санкт-Петербурга в 2013–2015 гг., показана непротиворечивость результатов оценивания. Ключевые слова: организационная эффективность, измерение эффективности, анализ границ производственных возможностей, метод свертки данных DEA, медицинские организации.