Начиная с 2014 г., совместный научный коллектив исследователей из Института наук о Земле, Института водных проблем Севера КНЦ РАН, МГУ им. М.В. Ломоносова, ФГБУ “ВНИИОкеангеология” и Российского педагогического университета им А.И. Герцена начали Программу по изучению четвертичных отложений двух крупнейших озер европейской части России – Онежского и Ладожского, расположенных по восточной периферии Балтийского (Фенноскандинавского) кристаллического щита. Имея большое количество материалов по этой проблеме и используя новые возможности многоканального сейсмоакустического профилирования и получения кернов с помощью длинных гравитационных трубок, а также новые методы исследования кернов, основное внимание было уделено геологическому развитию этих озер в позднем неоплейстоцене–голоцене. Изучение четвертичных отложений этих озер, занимающих ключевое географическое положение в регионе и располагающихся на различных высотных уровнях, позволяет более точно понять динамику отступления Скандинавского ледника с северо-западной части Русской равнины. При этом определяющее влияние ледника на формирование водных бассейнов при его деградации позволяет провести региональные палеогеографические корреляции, начиная с Балтийского моря, через Ладожское и Онежское озера и заканчивая Белым морем. Значительный интерес представляет и история формирования самих озерных котловин, учитывая, что в них практически отсутствуют отложения фанерозоя и геологический разрез представлен архей-протерозойскими и четвертичными образованиями. В статье обсуждаются новые данные, полученные с помощью многоканального сейсмоакустического профилирования и длинных гравитационных трубок (Онежское озеро) с привлечением результатов математического моделирования о циклическом развитии обоих озерных бассейнов, времени начала и окончания основных циклов (ледникового, ледниково-озерного, озерного) в них. Приведены сведения о корреляции этих событий с палеогеографическим развитием Белого моря.