В статье показано, что в силу углубляющихся разрывов в конкурентоспособности различных отраслевых секторов экономики велика вероятность возникновения негативных эффектов процесса структурно-технологической модернизации, связанных с недоучетом рискообразующих факторов. Данная ситуация актуализирует необходимость формирования региональной модели риск-менеджмента. Модель базируется на своевременной диагностике рисков и управления рисковым полем социально-экономического развития региона, а также позволяет обеспечить эффективное сочетание системного подхода и вероятностных методов анализа в региональном управлении Анализ структуры региональной экономики показал, что одним из ключевых секторов экономики Новгородской области является инновационно-инвестиционный сектор (ИИС), который представляет собой группу ведущих отраслей экономики: машиностроение и металлообработка, наука и научное обслуживание; химия и нефтехимия; строительство. Реализуемая кластерная модель развития Новгородской области основывается на выборе пропульсивных отраслей, призванных составить ядро региональных отраслевых кластеров Расчеты свидетельствуют, что для основных региональных отраслевых кластеров (химического, лесопромышленного, агропромышленного и машиностроительного) Новгородской области в современных условиях наиболее высокий риск связан с технологическим и финансово-экономическим факторами.