Идеологический компонент в работе АН ЛССР воспринимался не менее важным, нежели практическая работа по восстановлению и развитию сельского хозяйства и промышленности. Материалы по истории Академии, хранящиеся в Литовском особом архиве, позволяют обозначить основные направления работы и особенности адаптации под директивы новой власти. Так, в основу научной деятельности были положены «достижения советской науки», в частности, «гениальный труд товарища Сталина по вопросам языкознания». Были подвергнуты «основному пересмотру планы научно-исследовательских работ и учебные программы» путем их согласования «с требованиями учения И.П. Павлова»; «вся научно-исследовательская работа» Института сельского хозяйства Отделения естественно-математических и прикладных наук стала основываться «на достижениях прогрессивной советской агробиологии, на учении Мичурина – Вильямса – Лысенко», было «выявлено прогрессивное историческое значение великого русского народа в истории литовского народа, в развитии его литературы и культурного роста в целом». Для элиминации «буржуазно-националистических» рудиментов и избавления науки от чуждых элементов требовалось развернуть критику и самокритику «как повседневный метод творческой работы и подготовки кадров», отправлять лучших аспирантов в Ленинград и Москву, исключить «элементы формализма в работе парторганизации Академии», дать отпор «лженаучному течению менделизма-морганизма».