В статье представлены алгоритмы, позволяющие учитывать влияние факторов неопределенности на длительность и затраты, связанные с реализацией работ инновационного проекта. Отличительной особенностью данных алгоритмов является использование нечетких продукционных правил для выработки рекомендаций по управлению указанными проектами на основе распределения имеющихся ресурсов у организации в зависимости от результатов каждого этапа. Построенные алгоритмы учитывают нчеткие и временные характеристики инновационных проектов, что способствует повышению эффективности принимаемых решений.