Сделана попытка методически связать междисциплинарные исследования, начиная с клинических диагностических приемов, современных инструментальных, лабораторных и фундаментальных исследований до их реализации в практике. Проанализирован и обобщен опыт нескольких партнерских коллективов по методологии изучения головного мозга при ВИЧ-инфекции. В основу легли междисциплинарный подход, задачи и полномочия инфекционистов, наркологов-психиатров, неврологов, радиологов, врачей лабораторной службы, алгоритм клинического обследования, роль анамнеза и опроса, экспресс-диагностики когнитивных функций, специализированный диагноз психиатрический, неврологический, заключение клинических психологов, показания для радиологических исследований. Обоснованы выбор и анализ радиологических и инструментальных методов оценки ЦНС, объем и структура лабораторных методов для оценки процессов в ЦНС. Определена роль молекулярно-генетических исследований ВИЧ в крови и спинномозговой жидкости, выявления фармакорезистентных форм вируса, учет при выборе терапии.