Выдвинутая Дарвином в середине ХIХ в. идея происхождения видов
путем естественного отбора (дарвинизм-1) в первый момент не вызывает общественного резонанса, но несколько позже становится предметом острой полемики, в ходе которой дарвинизм сводят к огрубленной концепции антропогенеза (дарвинизм-2). Последняя была менее значима, чем более адекватная своему времени идея К. Линнея о включении Homo в систему царства животных, но это было сознательно принижено Линнеем. Реакцией на запаздывание историзма в биологии явилась генерализация довольно частной работы Дарвина о происхождении видов в развернутую мировоззренческую доктрину (дарвинизм-3) с разворачивающейся вокруг нее идеологической борьбой. В ходе этой генерализации формируется (хотя и не всегда различается) представление о микро- и макроэволюции, изучение каждой из которых связано со своим кругом проблем.
К 20–30-м годам ХХ в. яростные дискуссии вокруг микроэволюции привели к
созданию синтетической теории эволюции (СТЭ, дарвинизм-4), которая оказалась стандартной научной программой неодарвинизма – демонстрацией того, как макроэволюция складывается из микроэволюции. Основой СТЭ стали математические модели популяционной генетики, динамики численности популяций, экологии популяций, а также относящиеся к смежным проблемам. Исследование этих моделей дало важные математические результаты, но их биологический смысл и отношение к видообразованию остаются не проясненными без тщательной содержательной биологической интерпретации и аккуратного
соотнесения с данными эмпирической биологии (примером чего является работа Биометрического семинара О.М. Калинина с 1960-х годов в ЛГУ-СПбГУ).
Вместе с тем более или менее внимательное отношение к видовой организации у разных живых существ обнаруживает ее большое разнообразие, а также радикальное отличие подавляющего числа видов от классических «дарвиновских», так что дарвиновская микроэволюция (продемонстрированная на материале ничтожной доли видов) протекает на фоне микроэволюции других типов несоизмеримо большего числа недарвиновских видов. Такое несоизмеримо большее разнообразие организации микробов (включая прокариот) и низших организмов (низших растений, беспозвоночных) дает и большее разнообразие концепций микроэволюций, которые обычно обосновываются косвенными свидетельствами и поддерживаются исследованиями в смежных
областях, в то время как для конкретных таксонов механизмы микроэволюции представляются весьма различными и часто гипотетическими. Это требует различной методологии исследования исторических реконструкций видообразования с учетом различения истории и генезиса, разнообразия механизмов изменений, их направленности, непрерывности и скачкообразности и т.д., что уже затрагивает проблематику изучения макроэволюции