Генетический мониторинг окружающей среды является важным звеном анализа состояния биосистем. Его эффективность зависит от правильного выбора: а) природных видов-индикаторов; б) адекватных анализируемых показателей, зависимых от состояния окружающей среды и в) корректных методов статистического анализа. Оценка целостности генома индикаторных видов играет важную роль при изучении мутагенности загрязнений окружающей среды. Пошаговые рекомендации при анализе цитогенетических данных и перспективы использования генетических тест-систем в экологическом мониторинге рассматриваются на примере различных видов ракообразных.