Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › Обзорная статья › Рецензирование
Методы «прогулки по геному» на основе ПЦР (обзор). / Окулова, Елена Сергеевна; Бурлаковский, Михаил Сергеевич; Лутова, Людмила Алексеевна.
в: ЭКОЛОГИЧЕСКАЯ ГЕНЕТИКА, Том 22, № 1, 09.05.2024, стр. 75-104.Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › Обзорная статья › Рецензирование
}
TY - JOUR
T1 - Методы «прогулки по геному» на основе ПЦР (обзор)
AU - Окулова, Елена Сергеевна
AU - Бурлаковский, Михаил Сергеевич
AU - Лутова, Людмила Алексеевна
PY - 2024/5/9
Y1 - 2024/5/9
N2 - В обзоре рассматриваются ряд классических и современных методов, позволяющих установить нуклеотидную последовательность неизвестных участков ДНК, фланкирующих известные. Они применяются для расшифровки регуляторных областей генов, определения сайтов встраивания Т-ДНК или вирусов и т. д., в тех случаях, когда использование полногеномного секвенирования неоправданно. Чтобы амплифицировать участок ДНК, к концу неизвестной последовательность необходимо добавить участок связывания для праймера; это реализуется либо путем лигирования адаптера, либо посадкой вырожденного праймера в мягких условиях, либо закольцовыванием фрагмента ДНК, чтобы изучаемый участок оказался окружен известными. Второй важной задачей является избавление от неизбежно возникающих продуктов неспецифического связывания адаптеров либо вырожденных праймеров — чаще всего данная проблема разрешается несколькими раундами вложенной ПЦР. Разные методы существенно отличаются по трудоемкости, распространенности и доступности необходимых реактивов.
AB - В обзоре рассматриваются ряд классических и современных методов, позволяющих установить нуклеотидную последовательность неизвестных участков ДНК, фланкирующих известные. Они применяются для расшифровки регуляторных областей генов, определения сайтов встраивания Т-ДНК или вирусов и т. д., в тех случаях, когда использование полногеномного секвенирования неоправданно. Чтобы амплифицировать участок ДНК, к концу неизвестной последовательность необходимо добавить участок связывания для праймера; это реализуется либо путем лигирования адаптера, либо посадкой вырожденного праймера в мягких условиях, либо закольцовыванием фрагмента ДНК, чтобы изучаемый участок оказался окружен известными. Второй важной задачей является избавление от неизбежно возникающих продуктов неспецифического связывания адаптеров либо вырожденных праймеров — чаще всего данная проблема разрешается несколькими раундами вложенной ПЦР. Разные методы существенно отличаются по трудоемкости, распространенности и доступности необходимых реактивов.
U2 - 10.17816/ecogen624820
DO - 10.17816/ecogen624820
M3 - Обзорная статья
VL - 22
SP - 75
EP - 104
JO - ЭКОЛОГИЧЕСКАЯ ГЕНЕТИКА
JF - ЭКОЛОГИЧЕСКАЯ ГЕНЕТИКА
SN - 1811-0932
IS - 1
ER -
ID: 130918429