Целью написания предлагаемой статьи является теоретическая проработка механизма планирования свободных денежных потоков инновационного проекта при условии необходимости обеспечения высоковероятной возможности его реализации. Обзор специальной литературы показывает, что проблема ресурсного управления рисками инвестиционных проектов в мировой экономической практике не нова, однако методологический аппарат проектного риск-менеджмента недостаточно проработан. В результате применения метода индукции при анализе общей теории проектного риск-менеджмента с точки зрения планируемых целей коммерциализации инноваций были выявлены направления возможного приложения усилий в области управления проектными рисками при инвестиционном планировании внедрения новшеств, основным из которых признано построение специальных резервных фондов в рамках бюджета проекта для купирования последствий возможного проявления связанных с ним рисков. Посредством сущностного анализа, актуальной методологии построения величин рисковых резервных фондов созданы альтернативные методики обоснования величин рисковых резервных фондов для денежных потоков от операционной деятельности и капитальных затрат. В исследовании был разработан и формализован алгоритм планирования свободных денежных потоков инновационного проекта. Алгоритм учета проектных рисков апробирован на практическом материале. Результаты исследования не только имеют теоретико-методологическое значение, но и обладают высокой практической значимостью. Область их применения не ограничивается использованием в рамках инвестиционного проектирования высокотехнологических инноваций — они могут и должны применяться во всех случаях, когда речь идет о необходимости надежного достижения в будущем приоритетных целей, поставленных инициаторами рисковых капиталовложений в реальном секторе экономики.