Постепенная утрата части генов и части хромосом одного из субгеномов неополиплоида стабилизирует геном гибрида. На этой стадии кариотип аллополиплоида выглядит как кариотип типичного полиплоида, у которого можно более или менее надежно идентифицировать гомологичные и гомеологичные хромосомы. Мы предлагаем называть такие кариотипы эуполиплоидами (Родионов и др., 2010). Стабилизация эта относительна – некоторые хромосомы эуполиплоида могут быть вовлечены в хромосомные перестройки (транслокации и инверсии). Постепенно за счет транслокаций и инверсий кариотип перестраивается, причем в разных филогенетических ветвях по-разному, однако, как правило, постепенно идет редукция числа хромосом. При этом в геноме можно выделить горячие точки хромосомных перестроек в центромерных и субтеломерных районах и такие районы, где группы сцепления (геномные блоки) относительно константны. Наиболее часты транслокации, захватывающие целое плечо хромосомы и инсерции целых хромосом в центромерные районы других хромосом. Постепенная д