Статья посвящена проблеме диспропорционального экономического развития российских регионов и ее роли в формировании феномена макроэкономического конфликта. В рамках исследования рассмотрены ключевые принципы налоговой системы Российской Федерации и межбюджетных взаимоотношений. Выявлены основные зоны конфликта интересов, связанного с механизмом перераспределения ресурсов между регионами и федеральным центром. В связи с неравномерным распределением налоговой базы по территории страны возникает проблема наполняемости доходной части бюджетов регионов, углубляемая чрезмерной концентрацией налоговых поступлений на федеральном уровне. Формируется систематическая зависимость регионов от федеральных трансфертов на выравнивание бюджетной сбалансированности, в частности для реализации социально-экономических функций, возложенных на регионы. На этой почве формируется макроэкономический конфликт, проявляющийся в борьбе регионов за меры федеральной поддержки. Кроме того, идет процесс стагнации экономического развития территорий, связанный со стремлением сохранить «привилегии» высокодотационных территорий. Это способствует снижению стимула регионов к саморазвитию и самообеспечению, а также низкой инвестиционной привлекательности. Выделен ряд социальных последствий данного конфликта: массовая внутренняя миграция, снижение уровня образованности отстающих регионов, формирование предельной разницы в доходах и уровне жизни населения. В результате исследования сделан вывод о необходимости трансформации существующей модели межбюджетных отношений в направлении более широкой автономности регионального уровня налоговой системы. Развитие по этому вектору призвано снизить конфликтный потенциал межрегиональных отношений на экономическом уровне, а также позитивно воздействовать на долговременное экономическое развитие как регионов, так и государства в целом.