В работе представлены результаты многолетних мониторинговых исследований памятников из карбонатных пород, экспонирующихся на территории двух некрополей Государственного музея городской скульптуры. Комплексный методический подход к изучению памятников позволил понять главные причины деструкции материала, оценить скорость происходящих изменений, а также определить очередность необходимых мер, направленных на противодействие разрушению объектов культурного наследия. Приведена методика описания биоповреждений и определена роль отдельных видов микромицетов в процессах разрушения камня. С использованием культуральных и молекулярных методов выявлен видовой состав микроскопических грибов, встречающихся на памятниках. Стало возможным оценить возможную роль микромицетов в деструкции каменного материала. Приведен список доминирующих видов, родов и порядков микромицетов на территории Музейных некрополей. Проведено сравнение результатов, полученных при помощи разных методов отбора материала, с указанием их сходств и различий. Определены особенности применения молекулярных методов. Полученные данные послужили основой для проведения мероприятий, направленных на защиту памятников из различных типов природного камня от биологического разрушения, и позволили дать рекомендации по очередности и характеру требуемых реставрационных и консервационных работ.