Настоящая статья посвящена анализу существующих методов учета рисков в ставке дисконтирования и денежных потоках при инвестиционном проектировании инноваций. Рассмотрены понятия инновационного и инвестиционного проекта, разобраны ключевые отличия между данными понятиями и выявлены особенности инновационного проекта. Дано определение риска, а также классификации рисков для инновационного проекта. Далее рассмотрены понятия систематических и несистематических рисков, как наиболее распространенной классификации. Исходя из выявленной специфики инновационной деятельности отобраны параметры сравнения для проведения рейтингования основных методов учета рисков на основе балльной оценки, после чего делается заключение о наиболее оптимальном методе управления рисками в контексте инвестиционного проектирования инноваций. В конце статьи автором представлены краткие выводы по проведенному исследованию.