Амилоиды – это белковые самоагрегирующие филаменты обогащенные кросс-бета соединениями. Подобные структуры достаточно распространены у эукариот. Предполагается, что большое количество белков может переходить в состояние амилоида и формировать подобные филаменты постоянно или временно, например, под воздействием неблагоприятных факторов среды. Несмотря на интерес исследователей к амилоидам и их ассоциацию с целым рядом нейродегенеративных заболеваний у млекопитающих, до сих пор не существует метода, селективно выделяющего эти структуры. Используя дрожжевую модель, мы разработали биохимический подход для идентификации амилоидов, основанные на устойчивости амилоидов к высоким концентрациям детергентов, ультрацентрифугировании и движении конгломератов белков в электрическом поле, что позволило отделить крупные амилоидные структуры от других компонентов клетки. Метод выявления амилоидов был назван «агарозной ловушкой». В комбинации с анализом методом масс-спектрометрии, эта методика селективного выделения может быть полезна как способ поиска новых амилоидов. В дальнейшем используя метод «агарозной ловушкой» мы планируем идентифицировать ранее неизвестные амилоиды дрожжей и других эукариот, в том числе амилоиды человека.
Работа поддержана грантами РФФИ 15-0408159 и внутренним грантом СПбГУ 1.50.2218.2013. Авторы благодарят ресурсные центры «Хромас» и РМиКТ СПбГУ за техническую поддержку.