В статье ставится вопрос об условиях возможности и значимых следствиях того, что тема эффективности научных исследований оказывается философской проблемой. Ключевым в понятии проблемы оказывается конфликт онтологических допущений — значимое противоречие, обнаруживаемое в основаниях научной деятельности. Это противоречие описывается следующим образом. Автономная научная деятельность в производстве результатов, воздействующих (производящих эффект) на общество, предполагает преодоление субъективности ученого. Как следствие, объективированные результаты научной деятельности и само их производство подлежат внешнему управлению и контролю. Ученые лишаются управления собственной деятельностью, однако, и само внешнее управление, упускающее условия возникновения научного знания, связанные с субъектом, оказывается неэффективным, губительным для науки. В статье определяются концепты эффективности в применении к научной деятельности, а также понятия количественной и качественной оценки науки.