Арбускулярная микориза (АМ) представляет собой широко распространенный симбиоз, который формируется большинством наземных растений с грибами подотдела Glomeromycotina. Одной из основных проблем в изучении АМ-грибов является сложность их идентификации, связанная с высоким внутри- и межвидовым генетическим полиморфизмом, а также с облигатным статусом АМ-грибов по отношению к растению-хозяину. Методология идентификации АМ-грибов постоянно претерпевает серьезные изменения. В обзоре дан анализ оптимальных методов молекулярно-генетической идентификации АМ-грибов. Рассматриваются этапы пробоподготовки, обсуждаются выбор маркерных участков, подбор праймеров и различные методы амплификации, включая применение вложенной ПЦР. Анализируется и обосновывается перспективность методов клонирования и секвенирования нового поколения в применении к идентификации АМ-грибов.