В данном обзоре рассматриваются патогенетические аспекты взаимодействия микробиоты желудочно-кишечного тракта и гепатобилиарной системы. Представлены результаты работ, свидетельствующих о роли нарушений микробиоценоза тонкой (синдром избыточного бактериального роста) и толстой кишки в развитии заболеваний печени и желчевыводящих путей. Однако необходимы дальнейшие исследования для уточнения влияния измененной кишечной микрофлоры на состояние гепатобилиарной системы, что будет способствовать оптимизации подходов к лечению данной категории пациентов, в частности, использования комбинации пробиотиков и препаратов желчных кислот.