В разных таксономических группах водорослей обнаружены практически все известные фитогормоны в концентрациях, сравнимых с их содержанием в высших растениях. Наличие разнообразных как свободных, так и конъюгированных форм гормонов подтверждает существование сложной системы метаболизма и регуляции активности этих веществ. В большинстве случаев спектр биологического действия гормонов водорослей соответствует функциям гормонов у высших растений. Ряд сложных физиолого-биохимических процессов в клетках и тканях водорослей регулируется совместным действием нескольких фитогормонов. Все это позволяет рассматривать гормональную систему водорослей как полноценную систему регуляции.