Жидкофазное разделение (LLPS) лежит в основе формирования безмембранных ядерных телец, играющих ключевую роль в функционировании генома. В данной работе представлен открытый автоматизированный конвейер в среде ImageJ для высокопроизводительного 3D–анализа ядерных телец на двухканальных изображениях. Модульный рабочий процесс обеспечивает идентификацию и сегментацию отдельных ядер, детекцию биоконденсатов (например, телец Кахаля) и экстракцию количественных параметров (число, объем, интенсивность сигнала). Апробация метода на 129 кумулюсных клетках мыши, позволившая охарактеризовать 813 коилин–содержащих телец, подтвердила его эффективность.