Research output: Contribution to journal › Article
Транспозоны морского ежа Strongylocentrotus intermedius A. Agassiz, 1863: in silico versus in vitro. / Лебедев, Е.Е.; Остромышенский, Д.И.; Соловьева, А.И.; Дроздов, А.Л.; Подгорная, О.И.; Адонин, Л.С.
In: БИОЛОГИЯ МОРЯ, Vol. 45, No. 6, 2019, p. 384-391.Research output: Contribution to journal › Article
}
TY - JOUR
T1 - Транспозоны морского ежа Strongylocentrotus intermedius A. Agassiz, 1863: in silico versus in vitro.
AU - Лебедев, Е.Е.
AU - Остромышенский, Д.И.
AU - Соловьева, А.И.
AU - Дроздов, А.Л.
AU - Подгорная, О.И.
AU - Адонин, Л.С.
PY - 2019
Y1 - 2019
N2 - Данные о прочитанном геноме пурпурного морского ежа Strongylocentrotus purpuratus были использованы для выявления транспозонов (TE, transposable elements) и проверки наличия некоторых из них в геноме серого морского ежа S. intermedius. Для дизайна праймеров и выявления соответствующих ТЕ в транскриптоме S. intermedius использованы известные TE S. purpuratus, содержащиеся в базе данных повторов RepBase. Обладающие наибольшим покрытием последовательности ТЕ из транскриптома серого морского ежа собраны на основании сравнения с аннотированными ТЕ генома пурпурного морского ежа. За рамками анализа остались ТЕ, представленные недостаточным количеством ридов (случайных фрагментов) в транскриптоме. Сделан вывод, что подход продуктивен: с помощью рассчитанных праймеров из 100 собранных ТЕ серого морского ежа удалось доказать наличие 92 ТЕ в геномной ДНК S. intermedius. Рассчитанные с помощью методов биоинформатики последовательности ТЕ присутствуют в геноме серого морского ежа и могут быть применены в дальнейшей работ
AB - Данные о прочитанном геноме пурпурного морского ежа Strongylocentrotus purpuratus были использованы для выявления транспозонов (TE, transposable elements) и проверки наличия некоторых из них в геноме серого морского ежа S. intermedius. Для дизайна праймеров и выявления соответствующих ТЕ в транскриптоме S. intermedius использованы известные TE S. purpuratus, содержащиеся в базе данных повторов RepBase. Обладающие наибольшим покрытием последовательности ТЕ из транскриптома серого морского ежа собраны на основании сравнения с аннотированными ТЕ генома пурпурного морского ежа. За рамками анализа остались ТЕ, представленные недостаточным количеством ридов (случайных фрагментов) в транскриптоме. Сделан вывод, что подход продуктивен: с помощью рассчитанных праймеров из 100 собранных ТЕ серого морского ежа удалось доказать наличие 92 ТЕ в геномной ДНК S. intermedius. Рассчитанные с помощью методов биоинформатики последовательности ТЕ присутствуют в геноме серого морского ежа и могут быть применены в дальнейшей работ
KW - repetitive DNA
KW - sea urchins
KW - Strongylocentrotus intermedius
KW - Strongylocentrotus purpuratus
KW - transcriptome
KW - transposable elements
KW - повторяющаяся ДНК
KW - пурпурный морской еж Strongylocentrotus purpuratus
KW - серый морской еж Strongylocentrotus intermedius
KW - транскриптом
KW - транспозоны
KW - repetitive DNA
KW - sea urchins
KW - Strongylocentrotus intermedius
KW - Strongylocentrotus purpuratus
KW - transcriptome
KW - transposable elements
KW - повторяющаяся ДНК
KW - пурпурный морской еж Strongylocentrotus purpuratus
KW - серый морской еж Strongylocentrotus intermedius
KW - транскриптом
KW - транспозоны
M3 - статья
VL - 45
SP - 384
EP - 391
JO - БИОЛОГИЯ МОРЯ
JF - БИОЛОГИЯ МОРЯ
SN - 0134-3475
IS - 6
ER -
ID: 78603072