Изобретение относится к области молекулярной генетики растений и может найти применение для нужд сельского хозяйства и растениеводства при диагностике аллельного состояния гена Vi4 ржи, контролирующего антоциановую пигментацию зерновок. Кроме этого, изобретение может быть использовано в пищевой промышленности при анализе сырья растительного происхождения. Заявленный способ позволяет существенно сократить время диагностирования в сроки до одного рабочего дня и осуществлять одному исследователю параллельно анализ сотен испытуемых образцов, а также позволяет проводить раннюю диагностику признака окраски зерна в фиолетовый цвет до его проявления на уровне фенотипа; он является дешевым, достоверным и экологически чистым.