Протеом семян является интересным фундаментальным и прикладным объектом исследования, поскольку семена – важный источник пищи для людей и животных. Целью данной работы был анализ функций и локализации белков, выделенных из зародышей гороха (Pisum sativum) с желтыми и зелеными семядолями и из семян рапса (Brassica napus), качество которых было снижено путем длительного хранения или ускоренного старения. Из измельченного, предварительно зафиксированного в жидком азоте, биоматериала (50-150 мг) методом фенольной экстракции был выделен тотальный белок. Для растворения полученного после осаждения ацетоном белка был использован раствор содержащий хоатропные агенты – мочевину и тиомочевину, а также кислотолабильный детергент AALS II, совместимый с LC-MS. Анализ был основан на bottom-up протеомной стратегии. Для этого после измерения концентрации белка были отобраны аликвоты и проведен ограниченный протеолиз трипсином. Триптические гиролизаты были проанализированы с помощью нано-LC-ESI-Q и LIT-Orbitrap-MS в режиме data dependent acquisition (DDA). Обработка полученных масспектрометрических данных была произведена на основе комбинированных баз данных последовательностей поисковым алгоритмом SEQUEST. Было обнаружено более 1900 белков в зародышах гороха и почти вдвое меньше белков в семенах рапса. Было выявлено 34 функциональные группы белков, различным образом представленных в группах образцов. Аннотация функций и локализации белков была основана на разработанной авторами схеме с использованием инструментария ПО MapMan, LocTree3, базах данных String и KEGG. Было показано, что у зародышей гороха с желтыми семядолями в большем количестве присутствовали белки, связанные с белковым метаболизмом и окислительным катаболизмом, и LEA-белки. У семян рапса после длительного хранения значительно уменьшался пул запасных белков, LEA-белков, а также белков, ответственных за адаптацию к стрессу. Полученные данные позволяют обсуждать роль белков в устойчивости семян гороха и рапса к абиотическим стрессорам. Работа поддержана грантом РНФ №17-16-01042