Рассмотрена биоиндикаторная роль макрофитов при оценке экологического состояния водных экосистем малых водоемов в условиях мегаполиса. Дана сравнительная характеристика значимости макрофитов разных экологических групп – гигрофитов (рогоз, тростник), гидрофитов (рдест) и гидатофитов (элодея, роголистник), произрастающих в малых водоемах г. Санкт-Петербурга, для биогеохимической индикации загрязнения среды микроэлементами (Fe, Mn, Zn, Cu, Cr, Ni, Pb, Cd) и биогенными элементами (K, Ca, Na, P, S). Обсуждены возможные механизмы детоксикации ионов тяжелых металлов в организме макрофитов и их значение для поддержания стабильности функционирования водных объектов на территории города в условиях техногенного загрязнения. Проанализирована перспективность использования групп макрофитов для биоиндикации загрязнения и фиторемедиации водных экосистем.