Рассматривается гидрологическая, экологическая и геоэкологическая терминология, обусловливающая развитие методологии, формулировку предметов исследования и выбор методов гидрологических, водно-экологических и геоэкологических исследований водоемов. Выделяются: антропо-, био-, эко-, геоцентризм в исследовании водных объектов. Обсуждается использование терминов «гидроэкология» и «экогидрология» в современных российских и зарубежных исследованиях водных объектов. Обсуждаются «формулы» научных специальностей «Гидрология» и «Геоэкология», объекты и предметы гидрологических и геоэкологических (гидроэкологических) исследований. Анализируются сходства, различия и основные черты современных научных и научно-квалификационных работ по данным специальностям. Обсуждаются паспорта специальностей Высшей Аттестационной Комиссии РФ (ВАК РФ) 25.00.27 Гидрология суши, водные ресурсы, гидрохимия и 25.00.36 Геоэкология (науки о Земле). Выявляются смежные области и предметы исследования. Акцентируется применение методов системного анализа и системного подхода в целом в современных гидрологических, экологических и геоэкологических исследованиях водных объектов. Рассматривается направление в исследовании сложных систем и их свойств в «гидрологии», «экологии», «геоэкологии», которое изучает сложные (неаддитивные, эмерджентные, интегративные) свойства природных и общественных систем. Современными акцентами таких исследований являются: 1 - разработка подходов к оценке эмерджентных свойств сложных систем, характеризующих систему в целом и ее подсистемы (современный или ретроспективный статус системы, ее благополучие с позиции антропо- или биоцентризма, экологическую напряженность, степень трансформации системы, устойчивость, уязвимость системы, ее целостность и др.); 2 - разработка подходов к оценке воздействия на системы и их ответной реакции на воздействие. В статье рассматриваются теоретико-методологические основы, методы и результаты интегральной оценки экологического статуса водного объекта. Под экологическим статусом водоема авторами понимается интегративное (сложное, эмерджентное) свойство, характеризующее его способность продуцировать органическое вещество в соответствии с фазой исторического развития водоема, учитывающее качество и токсическое загрязнение воды, потенциальную устойчивость (уязвимость) водоема к изменению параметров естественного режима. Выделяется роль «гидрологии» и «геоэкологии» в оценке экологического статуса водных объектов. Рассматриваются многокритериальные и многоуровневые оценки интегративных свойств водных объектов, учитывающие иерархичность рассматриваемых систем. Предложены подходы к интегральной оценке продукционного потенциала (трофического статуса) водоема, качества и токсического загрязнения воды, устойчивости (уязвимости) водоема к изменению параметров естественного и антропогенного режимов, экологического (геоэкологического) статуса, экологического благополучия водного объекта. Приводятся примеры интегральной оценки экологического и геоэкологического статуса водоема, содержащие следующие группы (блоки) характеристик: 1-трофический статус водоема; 2-качество и токсическое загрязнение воды и донных отложений; 3-потенциальная устойчивость водоема. В статье содержатся авторские шкалы, лежащие в основе интегральной оценки, приводятся результаты оценки при равновесомом задании приоритетов внутри блоков и между ними. Результаты оценки рассмотрены на примере Суздальских озер (Верхнее, Среднее, Нижнее) г. Санкт-Петербурга. Исходная информация получена в ходе проведения полевых исследований на озерах в последние годы. Расчеты интегральных показателей позволили определить сочетание составляющих экологического статуса при разных приоритетах (весах) исходных характеристик. На основе расчетов интегральных показателей появляется возможность выявления тенденций изменения экологического статуса при внешних воздействиях на водоемы. Результаты исследований могут быть полезны для лиц, принимающих решение в области оценки состояния водных объектов и их эмерджентных свойств, охраны окружающей среды.