В статье рассмотрена текущая ситуация по поддержке социально-экономического развития отстающих регионов Российской Федерации за счет ассигнований федерального бюджета с целью сокращения различий между субъектами РФ. Показана недостаточная эффективность целевых программ финансирования, разработанных исходя из показателей деятельности федеральных округов, которые объединяют субъекты России согласно территориальному принципу. Авторами предложен подход, позволяющий уточнить параметры государственных программ регионального развития, который предполагает использование моделей на основе искусственных нейронных сетей для анализа социально-экономической ситуации в регионах. Приведен пример использования самоорганизующихся карт Кохонена для исследования качества высшего профессионального образования в субъектах РФ, которое может быть использовано для корректировки соответствующих целевых программ