Изложен опыт имитационного моделирования водных экосистем: примеры основных компонентов и процессов массообмена между компонентами водной экосистемы, подлежащие оценке в экологических моделях. Представлены примеры авторских алгоритмов моделирования процессов массообмена для моделирования большинства упомянутых процессов и некоторые результаты модельных расчетов. Рассмотрены результаты моделирования влияния факторов абиотической среды на удельные скорости процессов на внутригодовом интервале моделирования годового цикла развития водной экосистемы. Рассмотрены некоторые результаты моделирования водных экосистем и влияние факторов на внутригодовое изменение биомасс и концентраций компонентов.