На основе комплексного анализа функционирования и развития национальных систем высшего образования (НСВО) разработана теоретическая концепция стратегического управления ее модернизацией, учитывающая влияние на НСВО существенных внешних и внутренних факторов, и обеспечивающая реализацию ее стратегической цели развития. Для каждого из факторов выделены варианты их воздействия на НСВО; определены новые свойства и их последствия; выработаны частные управленческие решения, усиливающие возможные положительные и снижающие возможные отрицательные последствия для НСВО. Модернизация высшего образования может быть осуществлена на основе предложенной Концепции, предполагающей формирование соответствующей системы управления модернизацией НСВО. Система управления модернизацией формируется на основе моделей, алгоритмов, методов и процедур, которые обеспечивают управление изменениями на уровне высшей школы,происходящими в современных условиях под воздействием существенных внешних и внутренних факторов. Предложенные в исследо