В статье описывается процесс разработки графа клеточных взаимодействий для исследования трёхмерных моделей структуры живых тканей. Описываемое программное обеспечение позволяет строить и исследовать такие модели, созданные в рамках теории трёхмерной гистологии (разработанной Г. А. Савостьяновым), которые невозможно построить с помощью текущих средств.