В статье исследуются проблемы реализации автономии воли сторон (автономии сторон) в процессе выбора способов разрешения споров из отношений публично-частного партнерства. Публично-частное партнерство рассматривается как разновидность договорных отношений, основанных на автономии воли сторон, которая является принципом частных отношений и реализуется в материальном и процессуальном аспектах. Высказывается мнение, что автономия сторон сформировалась как принцип не только частного, но и гражданского процессуального и транснационального процессуального права. В процессуальных отношениях она выражается в свободе выбора способа разрешения споров. Ограничена процессуальная автономия сторон императивными нормами национального законодательства. Проводится сравнение способов разрешения споров из отношений публично-частного партнерства, рекомендованных международными межправительственными универсальными и региональными организациями и закрепленных в отечественном и зарубежном законодательстве. Предлагаемые международными организациями механизмы защиты основаны на свободе выбора способа разрешения споров сторонами, однако государство может ограничить автономию сторон в свободе выбора процедур. Проводится оценка перспектив применения альтернативных процедур в качестве эффективного средства разрешения споров между государством и бизнес-структурами. Обращается внимание на значительный потенциал внесудебных способов урегулирования конфликтов между публичными и частными партнерами. Отмечается, что в законодательстве государств, допускающих в качестве публичного партнера иностранное физическое или юридическое лицо, в систему разрешения споров, как правило, вводится международный коммерческий арбитраж. Одной из тенденций в развитии механизма разрешения конфликтов стало создание специализированных арбитражей для урегулирования споров в сфере публично-частного партнерства.