Изученность эколого-физиологических особенностей бактериопланктона водоемов явно недостаточна. Относительно подробно исследовано микронаселение озер. В воде бактерии представлены одиночными бактериальными клетками, скоплениями клеток и микроколониями. Бактерии могут быть свободноплавающими или прикрепленными к поверхности минеральных или органических частиц, к поверхности клеток водорослей. Рассмотрена схема трансформации вещества в бактериоценозе, которая использовалась при моделировании массообмена в водной экосистеме. Рассчитывается баланс скоростей в модели бактерий ассоциированных с детритом. Приводится пример реализации пространственно-однородной модели функционирования водной экосистемы с включением двух переменных для бактерий (ВDл и ВDc) и детрита Dл и Dс. Содержание бактерий представлено суммарной биомассой бактерий В ассоциированных с лабильным и стойким детритом.