4.3.7.1. Актуальность научной проблемы, предлагаемой к решению в рамках НИР, включая современное состояние исследований по проблеме и научную значимость её решения.

В рамках данного проекта планируется разработка и апробация ряда инновационных пангеномных методов для анализа хозяйственно-значимых признаков у разных организмов, что обладает высокой актуальностью и новизной. В настоящее время уже получены важные результаты, касающиеся таксономического состава микробиом различных организмов и некоторых механизмов их взаимодействия с хозяином (Chen et al., 2025, Mol Biomed). Тем не менее, вопросы о роли микробиома в развитии аутоиммунных заболеваний у человека (Otani et al., 2025, J Gastroenterol) и влиянии секретируемых метаболитов эндофитной микрофлоры на развитие растений (Mametja et al., 2025, Plants) всё ещё требуют детального изучения. К ним можно отнести участие микроорганизмов кишечной микрофлоры в развитии аутоиммунных заболеваний и формирование эндофитности у бактерий, которые оказывают стимулирующий эффект на рост и развитие сельскохозяйственных растений. Генетические детерминанты этих важных признаков планируется исследовать в рамках данного проекта.
В 2025 году Минсельхоз России поставило задачу по улучшению качества питания населения. Зерно ржи посевной (Secale cereale L.) богато уникальными вторичными метаболитами, однако важным является вопрос технологичности культуры, в том числе, обеспечиваемый внедрением короткостебельных форм (Кобылянский, 1972, Генетика, Braun et al., 2019, Frontiers in Plant Science). Большинство современных сортов озимой ржи несут в своем генотипе ген доминантной короткостебельности Ddw1, однако надёжных молекулярных маркеров для этого локуса в научной литературе не опубликовано (Цветкова и др., 2024, Экологическая генетика). В рамках проекта планируется создание молекулярного маркера для признака доминантной короткостебельности позволит не только создавать генетически однородные сортовые популяции на основе уже районированных сортов ржи, но и эффективнее проводить отбор гомозиготных по признаку доминантной короткостебельности растений на ранних этапах селекции новых сортов. В последние годы растёт число исследований, посвящённых изучению антиоксидантных и геропротекторных свойств антоцианов (Mikhailova et al., 2023, Antioxidants (Basel). Garg et al., 2022, Front Nutr.). Учитывая высокую консервативность жизненно важных клеточных процессов, с одной стороны, и адекватность использования с другой, дрозофила представляет прекрасный модельный объект для изучения эффектов добавления в пищевой рацион человека зерна отдельных линий ржи, отличающихся по содержанию антоцианов и флавоноидов (Piper, Partridge, 2018, Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis.). Эта модель позволит оценить влияние предлагаемой диеты на процессы, в первую очередь, связанные со старением организмов, что необходимо для понимания способов достижения здорового долголетия человека
Корнеплодные культуры вносят важный вклад в развитие продовольственной программы. Развитие запасающего корня (корнеплода) зависит от активности латеральной меристемы - камбия и регулируется сложно организованной генной сетью (Hoang et al., 2020, Frontiers in Plant Science). В работе над проектом будет использована уникальная генетическая коллекция инбредных линий редиса, которая была создана и много лет поддерживается в СПбГУ. Важным этапом работы будет разработка эффективного метода регенерации in vitro первичных отредактированных растений редиса, которая в настоящее время затруднена (Kuznetsova et al., 2024, Ecological genetics). В связи с высокой консервативностью состава основных регуляторных модулей растений (Kuznetsova et al., 2023, Plants), результаты, полученные на редисе, могут быть экстраполированы на другие виды растений с запасающим корнем. Вероятным практическим выходом в случае реализации задач проекта является разработка научно-обоснованного способа получения высокоурожайных форм корнеплодных культур.
Меченые белки являются компонентами разнообразных биосенсоров, тест систем и аналитических наборов, также используются в медицине. В 2000 году гемтузумаб озогамицин стал первым одобренным лекарством, представляющим собой конъюгат противоопухолевого препарата и моноклонального антитела, которое специфично направляет его активность. С этого момента десятки подобных лекарств были одобрены для применения в терапии, а сотни находятся на различных стадиях клинических испытаний (Fu et al., 2022, Signal Transduction and Targeted Therapy). Чтобы разрабатывать и получать подобные препараты необходимо эффективно синтезировать моноклональные антитела, а также иметь возможность специфично присоединять к ним различные метки. В данном проекте для синтеза рекомбинантных белков и антител планируется использовать метилотрофные дрожжи Komagataella phaffii, которые являются популярным объектом биотехнологии и широко используются для синтеза рекомбинантных белков в промышленности и в научных исследованиях, а также успешно показали себя в качестве продуцентов антител (Karbalaei et al., 2020, Physiology; Carneiro et al., 2022, Fermentation, Zhang et al., 2011, MAbs). Для мечения белков планируется использование систем расширенного генетического кода, которые позволяют интегрировать неканонические аминокислоты в рекомбинантные белки при считывании определенных кодонов (Chen et al., 2007, Journal of Molecular Biology; Chin et al., 2017, Nature). После синтеза белка к этим неканоническим аминокислотам за счёт реакций «клик-химии» могут быть специфически присоединены нужные метки. В рамках данного проекта будут отработаны методики, а также получены коллекции векторов и штаммов дрожжей, которые позволят эффективно синтезировать и метить рекомбинантные белки, и в частности, антитела.
Целый ряд исследований в рамках проекта будет проведен с помощью коллекций микроорганизмов СПбГУ. Существенной актуальностью обладает проблема генетического контроля симбиоза водорослей и грибов, которая до сих пор не решена современной наукой. Изучение экспрессии ассоциированных с симбиозом генов и их целевое редактирование у фотобионтов лишайников – на модели микроскопических водорослей из коллекций СПбГУ позволит выяснить генетическую природу стабильного симбиоза водоросли и гриба, и откроет новые возможности конструирования биосистем с участием фотобионтов. Существенный блок работ посвящен вопросам ссоздания надежных методов криоконсервации и последующей ревитализации протистов, что позволит существенно снизить расходы на хранение коллекций культур (в том числе – в медицинских целях) и использовать для подобных целей развитую инфрастурктуру обычных клеточных банков, имеющихся во многих организациях.
Наличие и влияние паразитарных инфекций во время вредоносного цветения водорослей (ВЦВ) неоднократно сообщалось в литературе, показывая их роль в контроле временного цветения водорослей и влияние паразитов (Alacid et al., 2017, Front. Microbiol; Blanquart et al., 2016, Proc. R. Soc. B Biol. Sci; Park et al., 2013, Harmful Algae; Rene et al., 2021, Aquat. Microb. Ecol.). Эти исследования сосредоточены на Perkinsea или Amoebophrya, но мало что известно о влиянии инфекций, вызываемых другими, еще не открытыми протистами, на морской фитопланктон (Fernandez-Valero et al., 2022, Environ. Microbiol., 2024, Europ. J. Protozool., Gleason et al., 2015, Fungal Biol. Rev., Jephcott et al., 2016, Fungal. Ecol.). Изучая разнообразие паразитов из других таксонов протистов, мы сможем получить полную картину зараженности водорослей в разные периоды цветения. Будут составлены схемы взаимодействия разных паразитов с водорослями и конкурентных отношений паразитов между собой за один и тот же ресурс. Это, безусловно, позволит определиться с методами борьбы с ВЦВ.
Инфузории могут служить переносчиками микроорганизмов, представляющих потенциальную опасность для человека. Так, показано, что инфузории Paramecium caudatum могут быть заражены бактериями Legionella pneumonia (Watanabe et al., 2016, Sci. Rep.). Кроме того, в природных популяциях инфузорий P. multimicronucleatum и P. nephridiatum встречаются носители бактерий Ca. Trichorickettsia mobilis, близкородственные риккетсиям- патогенам человека, вызывающим такие серьезные заболевания как сыпной тиф и лихорадку Скалистых гор (Vannini et al., 2014, PLoS ONE 9(2), Sabaneyeva et al., 2018, Eur. J. Protistol.,). Более того, установлено, что инфузории вида Paramecium bursaria могут выступать в качестве хозяев дрожжей Rhodotorula mucilaginosa, которые в настоящее время рассматриваются как патогены человека (Sabaneyeva et al., 2025, Protoplasma). Исследование новых эндосимбиотических микроорганизмов, обитающих в цитоплазме клонов Paramecium bursaria из коллекции культур микроорганизмов RC CCM, позволит установить их филогенетическую принадлежность, охарактеризовать их морфологию и ультраструктуру и выявить наличие или отсутствие родства с патогенами человека. Изучение полиморфизма эндосимбиотических бактерий Ca. Trichorickettsia mobilis и их способности к горизонтальному переносу между двумя видами инфузорий приблизит нас к пониманию их жизненного цикла и причин их достаточно широкого распространения в природных популяциях некоторых видов.
В целом, исследования в рамках настоящего проекта посвящены решению целого ряда актуальных на мировом уровне вопросов генетической детерминации хозяйственно-ценных признаков и особенностей внутривидовой изменчивости у различных групп организмов и генетического контроля надорганизменных взаимодействий, уникальную базу для исследования которых предоставляют биоресурсные коллекции СПбГУ и разрабатываемые в рамках исследований биоинформатические и молекулярно-биологические подходы.

4.3.7.2. Цель научного исследования.
Целью научного проекта является разработка пангеномных и молекулярно-генетических подходов для изучения хозяйственно-ценных признаков и особенностей внутривидовой изменчивости с использованием биоресурсных коллекций СПбГУ. В рамках цели сформулированы следующие задачи:
1. Разработка биоинформатических методов пангеномного анализа и их применение для предсказания бактериальных пептидов и метаболитов, участвующих во взаимодействии микроорганизм-хозяин.
2. Создание молекулярного маркёра тесно-сцепленного с признаком доминантной короткостебельности для селекции ржи.
3.Изучение и редактирование генов - негативных регуляторов активности камбия с целью разработки способов повышения урожайности корнеплодных культур.
4. Поиск и оптимизация ДНК-маркеров, ассоциированных с хозяйственно-ценными признаками гороха из генетической коллекции СПбГУ.
5. Оценка последствий введения в диету сортов ржи, обогащённых флавоноидами и антоцианами на модели Drosophila melanogaster.
6. Получение коллекции штаммов дрожжей Komagataella phaffii с расширенным генетическим кодом и соответствующих векторов для эффективного синтеза меченых рекомбинантных белков и антител.
7. Изучение генетического контроля симбиотических взаимодействий у водорослей, пополнение генетической коллекции штаммами, полученными в результате реlактирования генома зеленой одноклеточной водоросли хламидомонады (Chlamydomonas reinhardtii), а также фотобионтами, выделенными из лишайников.
8. Адаптация существующих и разработка новых протоколов криоконсервации Amoebozoa, создание криоконсервированной коллекции амебоидных протистов. Изучение процессов связанных с пребыванием клеток в состоянии криптобиоза.
9. Изучение разнообразия паразитов морских водорослей современными морфологическими и молекулярно-генетическими методами.
10. Характеристика эндосимбионтов инфузорий рода Paramecium из коллекции культур микроорганизмов RC CCM.

4.3.7.3. Общий план выполнения НИР на весь период - описание задач,
предлагаемых к решению с указанием методов и подходов вьшолнения поставленных задач, включая детализацию для каждого этапа реализации НИР (финансового года).
2027
1. Создание стандартизированного набора метагеномных данных больных аутоиммунными и аллергическими заболеваниями, полученного методом глубокого shotgun-секвенирования (15-50 млн ридов) на основе открытых данных из базы данных NCBI. Подготовка набора геномных и метагеномных данных бактерий, обитающих в ризосфере и в тканях растений. Контроль качества данных с использованием программ FastQC, CheckM, BUSCO.
2. Разработка тесно-сцепленного (внутригенного) маркера для признака доминантная короткостебельность, контролируемого локусом Ddw1: установление нуклеотидной последовательности локуса Ddw1 у линий Петергофской генетической коллекции ржи.
3. Разработка эффективного способа регенерации редактированных растений редиса, тестирование его на линиях генетической коллекции редиса и сортах госреестра. Выбор генов для дальнейшей работы, анализ их экспрессии в развивающемся корнеплоде редиса методом ПЦР в реальном времени и транскриптомного анализа.
4. Молекулярно-генетическая характеристика линий генетической коллекции гороха, выявление мутаций гороха, значимых для проявления хозяйственно-ценных признаков. Получение гибридов первого поколений для проверки возможности использования соответствующих маркеров.
5. Проверка наличия генотоксического эффекта гомогенатов семян ржи посредством оценки плодовитости, частоты атрофии гонад у самок дрозофилы. Будет проверено наличие мутагенного эффекта гомогенатов семян ржи методом учета рецессивных сцепленных с полом летальных мутаций (РСПЛМ), индуцированных в X-хромосоме самцов дрозофилы.
6. Получение векторов и штаммов дрожжей K. phaffii с элементами системы расширенного генетического кода.
7. Отработка методик редактирования генома микроводорослей системой CRISPR/Cas9 на модели Chlamydomonas reinhardtii с использованием двух подходов – трансформацией клеток вектором pKSE401 и рибонуклеопротеиновыми комплексами. Апробация разработанных методик на других видах водорослей. Сбор образцов широко распространённых видов лишайников, введение симбионтов в изолированную культуру и их видовая идентификация (отработка методик).
8. Анализ имеющихся коллекций видов амеб, отбор видов перспективных для работ по криоконсервации. На морфологическом и молекулярном уровне будет проверена идентификация отобранных штаммов. Опыты по криокосервации части отобранных видов с использованием коммерческих криосред, хранение в парах жидкого азота. Опыты по хранению видов с использованием кельвинаторов, опыты по ревитализации видов, хранившихся от трех месяцев до полугода
9. Сбор проб в Белом и Балтийском морях. Выделение изолятов и культур паразитов и изучение их морфологическими и молекулярно-генетическими методами Характеристика нового бактериального эндосимбионта из цитоплазмы клона инфузорий Paramecium bursaria. Обновление коллекции труднокультивируемых клонов солоноватоводных инфузорий, несущих симбиотические микроорганизмы, путем сбора в локации постоянного мониторинга (УНБ «Беломорская»).

2028
1. Отработка методов предсказания спектра пептидов, получаемых в ходе процессинга белков микробиоты кишечника антиген-презентирующими клетками. Определение спектра метаболитов, продуцируемых ризосферными и эндофитными бактериями.
2. Валидация маркера короткостебельности на гибридах второго поколения, полученных от скрещивания контрастных по высоте растения инбредных линий ржи.
3. Получение конструкций для редактирования генов CLE19, CLE22a, CLE22b методом CRISPR-Cas9. Получение и анализ по параметрам формирования корнеплода растений редиса с отредактированными генами CLE19, CLE22a, CLE22b
4. Молекулярно-генетическая характеристика линий генетической коллекции гороха по генам, контролирующим хозяйственно-ценные признаки. Получение гибридов первого и второго поколений для проверки возможности использования соответствующих маркеров.
5. Для анализа возможного влияния гомогенатов семян ржи на выживаемость и продолжительность жизни дрозофилы предполагается проанализировать максимальную продолжительность жизни особей, развивавшихся на питательной среде с добавками и без. Экспериментальные и контрольные культуры будут охарактеризованы по показателям общего числа вылупившихся особей, по частоте врождённых аномалий развития, по частоте неразвившихся яиц
6. Получение штаммов дрожжей K. phaffii характеризующихся сверхэкспрессией генов вспомогательных факторов.э
7. Пополнение ресурсов коллекции зелёных водорослей новыми видами и штаммами, ассоциированными и неассоциированными с грибами, путём обмена имеющегося коллекционного фонда с другими известными коллекциями живых микроводорослей (Коллекция Института Биологии Коми НЦ УРО РАН (SYKOA), Коллекция Лаборатории альгологии БИН РАН, Коллекция ИФР РАН (IPPAS).
8. Апробация различных криосред для замораживания амеб. Поиск закономерностей связанных со способностью клеток к цистообразованию, их исходному типу местообитаний и иных возможных действующих факторов.. Начало работ по созданию криоколлекции штаммов амебоидных протистов: будут заморожены типовые штаммы и штаммы для которых получены наборы молекулярных данных («генетическая коллекция»).
9. Сбор проб в Японском море в период цветения водорослей. Изучение динамики численности водорослей и паразитов, выявление взаимосвязи паразитов и доминирующего вида водорослей в период цветения.
10. Описание нового эукариотического эндосимбионта из цитоплазмы клона инфузорий Paramecium bursaria с помощью методов световой и электронной микроскопии и молекулярных методов (секвенирование гена 18S рРНК и флуоресцентная гибридизация in situ). Пополнение коллекции клонов Paramecium nephridiatum и Paramecium calkinsi (сбор проб на территории УНБ «Беломорская»).
2029
1. Поиск ассоциаций между иммунопептидомом кишечной микробиоты и наличием заболеваний аутоиммунного спектра. Поиск пангеномных ассоциаций между продукцией бактериями определенных метаболитов и присутствием ее в одной из экологических ниш: в ризосфере или в тканях растений.
2. Морфометрический анализ потомства С1, проверка стабильности наследуемости варианта маркёра в потомстве С2 в каждой субпопуляции ржи.
3. Получение конструкций для редактирования генов MOL, PTL методом CRISPR-Cas9. Получение и анализ по параметрам формирования корнеплода растений редиса с отредактированными генами MOL, PTL
4. Анализ гибридов первого и второго поколений для проверки возможности использования соответствующих маркеров для анализа морфологических, в том числе хозяйственно-ценных, признаков гороха.
5. Предполагается провести анализ нескольких последовательных поколений. Сопоставление данных, полученных по этим показателям, с характеристикой линий ржи позволит сделать вывод о наличии или отсутствии эффектов долгосрочного воздействия гомогенатов зёрен ржи, включая трансгенерационные и возрастные результаты, чтобы оценить потенциальные преимущества или риски, связанные с длительным потреблением фитохимических веществ.
6. Получение штаммов дрожжей K. phaffii продуцентов рекомбинантных антител.
7. Реконструкция симбиозов между грибами и водорослями в лабораторных условиях с целью изучения генетических механизмов, обеспечивающих процесс установления симбиотических систем лишайникового типа.
8. Окончание опытов по ревитализации замороженных клеток, сбор статистики и поиск закономерностей связанных со способностью клеток к цистообразованию, их исходному типу местообитаний и иных возможных действующих факторов. Опыты по упрощению методики криоконсервации. Разработка методических рекомендаций по замораживанию и криохранению клеток для введения этих методов в практику РЦ КМ Научного парка СПбГУ
9. Сбор проб в Южно-Китайском море. Выделение изолятов и культур паразитов и изучение их морфологическими и молекулярно-генетическими методами. Установить разнообразие всех паразитов водорослей в морях Северо-Запада, Дальнего Востока и Юго-Востока и обобщить полученные данные для выбора дальнейшего направления исследований.
10. Исследование фенотипического полиморфизма симбиотических бактерий Ca. Trichorickettsia mobilis у разных клонов инфузорий Paramecium multimicronucleatum методом трансмиссионной электронной микроскопии. Исследование возможности горизонтального переноса Ca. Trichorickettsia mobilis между видами P. multimicronucleatum и P. nephridiatum.


4.3.7.4. Имеющийся у коллектива исполнителей научный задел, который может быть использован для достижения поставленной цели и получения ожидаемых результатов (в данном пункте заполняется текстовое описание задела, а размещение прочей подтверждающей информации, необходимой в соответствии с пунктом 2, описано в пункте 4.3.19.4
Коллектив имеет большой опыт в области обработки геномных данных бактерий, в особенности проведения пангеномного анализа бактериальных геномов и поиска ассоциаций (Merkushova et al., 2023, IJMS; Shikov et al., 2023, Front Microbiol), а также в изучении генетики человека и микробиоты человека (Yunusbayev et al., 2025, Micr. Spectr.; Yunusbayeva et al., 2024, Front. Cell. Infect. Microb.)
У коллектива имеется большой разносторонний опыт работы со злаками молекулярными методами: изучение локуса Ddw1, контролирующего признак доминантной короткостебельности (Braun E.M., Tsvetkova N. et al., 2019, Front Plant Sci.); работы по картированию, результаты которых были использованы при секвенировании генома ржи (M. Timothy Rabanus-Wallace, N. Tsvetkova, et al 2021, Nat Genet.), в создании молекулярных маркеров ржи (Андреева Е. и др., 2022, Патент № 2787110). Кроме того, у коллектива накоплен значительный опыт проведения работ по определению урожайности злаков при выполнении договоров с организациями-заказчиками.
Получены сборки геномов двух инбредных линий из генетической коллекции редиса, созданной и поддерживаемой в СПбГУ. В геномных сборках проведены идентификация и хромосомная локализация основных регуляторов активности камбия и развития запасающего корня (Kuznetsova et al., 2024). У редиса выявлено новое подсемейство генов, кодирующее пептиды CLE с несколькими функциональными доменами, предположительного играющее роль в развитии корнеплода (Kuznetsova et al., 2024а). У редиса изучена роль ряда пептидов семейства CLE в развити запасающего корня. С помощью транскриптомного анализа идентифицированы новые гены-мишени пептида CLE41, играющего центральную роль в росте корнеплода (Kuznetsova et al., 2023, Plants). Выяснена роль красного и дальнего красного света в контроле цветения и корнеплодообразования у редиса, с помощью транскриптомного анализа выявлены новые регуляторы роста корнеплода, экспрессия которых зависит от спектра света (Dodueva et al., Journal of Plant Growth Regulation, in press).
Впервые показано влияние аминокислот (Rumiantsev et al., 2013, Genetika; Rumyantsev et al., 2021, Microorganisms; Ianshina et al., 2023, Microorganisms) и концентрации фосфата (Rumjantsev et al., 2014, The Scientific World Journal) на экспрессию генов метаболизма метанола у метилотрофных дрожжей. Исполнители проекта имеют большой опыт получения штаммов K. phaffii, продуцентов рекомбинантных белков, а также новых генетических конструкций для работы с этими дрожжами (Makeeva et al., 2023, Microorganisms). На основе новых разработанных подходов были получены штаммы – продуценты белка иммуномодулятора Neo-2/15 (Makeeva et al., 2023, Microorganisms). На протяжении длительного времени поддерживаются генетические коллекции ржи, редиса, гороха, дрозофилы, дрожжей, одноклеточных водорослей, с использованием которых опубликованы сотни работ в международных периодических изданиях. Ведутся разработки методов геномного редактирования микроводорослей. Имеется опыт криоконсервации амеб семейства Thecamoebidae и хранения образцов в течение двух лет с последующей успешной ревитализацией. Подобраны несколько вариантов криосред, позволяющих успешно замораживать культуры голых амеб. Имеется опыт работы с амебами, изолированными в виде цист из вечномерзлых отложений Восточной Сибири возрастом 30-50 тысяч лет. Описан ряд новых видов амеб из вечномерзлых отложений, в том числе – имеющих специфические многослойные цисты, строение которых мы связываем с высокой устойчивостью этих видов к промерзанию и их способностью к криптобиозу (Shmakova et al. 2016, Protist, Shmakova et al. 2018, Eur J Protistol.). Проведены молекулярные и ультраструктурные исследования этих видов амеб. Коллектив имеет большой опыт работы в изучении паразитов как пресноводных, так и морских водорослей (Karpov et al., 2014, 2017, 2019, 2021, Hyde et al., 2023, 2024, Mycosphere, Wijayawardene et al., 2024, Fernandes-Valero et al., 2024, European Journal of Protistology, Seliuk, Karpov, 2024). Морских паразитов мы начали изучать сравнительно недавно (2020), но методика этих исследований та же, что и пресноводных. Между тем, морские водоросли почти не изучены на предмет паразитов из зооспоровых грибов и афелид, потому в короткое время нам удалось обнаружить и описать 3 новых рода и несколько видов хитридиомицетов и афелид. В коллекции культур микроорганизмов RC CCM поддерживаются клоны инфузории P. bursaria, несущие в цитоплазме новые бактериальные и эукариотические эндосимбионты, а также коллекция клонов инфузорий P. multimicronucleatum, зараженных бактерией Ca. Trichorickettsia mobilis. В предыдущих исследованиях отработаны все методы, необходимые для описания новых видов эндосимбиотических микроорганизмов инфузорий (Kursacheva et al., 2023, Diversity; Sabaneyeva et al., 2025, Protoplasma). Клон P. bursaria с новой эндосимбиотической бактерией зафиксирован для трансмиссионной электронной микроскопии.
В целом, коллектив, представивший проект на рассмотрение, создал задел мирового уровня по тематике исследования, что подтверждается значительным числом работ в журналах первого квартиля, включая, в том числе, наличие статей членов коллектива в таких изданиях как Nature, Nature Genetics, Nature Communications и другие. Авторы проекта занимаются не только исследованием образцов всего комплекса биоресурсных коллекций СПбГУ (см. обзор Antonets et al., Biol. Comm., 2025) при помощи наиболее современных генетических и биоинформатических подходов, но и постоянно проводят пополнение коллекций. Коллектив обладает передовыми экспериментальными навыками, в том числе успешный опыт получения генетически редактированных растений и микроорганизмов.

4.3.7.5. Научное и научно - техническое сотрудничество, в том числе международное, которое может осуществляться в рамках выполнения НИР.
Ведется постоянное сотрудничество с Институтом цитологии РАН (ИНЦ РАН) в части исследования особенностей структуры изучаемых в рамках проекта белков. Планируется сотрудничество с Институтом Биологии Коми НЦ УРО РАН (SYKOA) и БИН РАН (Лаборатории альгология), некоторые образцы коллекций водорослей которых также планируется задействовать в экспериментальных исследованиях.