PathRacer: Racing Profile HMM Paths on Assembly Graph

Alexander Shlemov, Anton Korobeynikov

Результат исследований: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференцийстатья в сборнике материалов конференциинаучнаярецензирование

1 Цитирования (Scopus)

Аннотация

Recently large databases containing profile Hidden Markov Models (pHMMs) emerged. These pHMMs may represent the sequences of antibiotic resistance genes, or allelic variations amongst highly conserved housekeeping genes used for strain typing, etc. The typical application of such a database includes the alignment of contigs to pHMM hoping that the sequence of gene of interest is located within the single contig. Such a condition is often violated for metagenomes preventing the effective use of such databases. We present PathRacer—a novel standalone tool that aligns profile HMM directly to the assembly graph (performing the codon translation on fly for amino acid pHMMs). The tool provides the set of most probable paths traversed by a HMM through the whole assembly graph, regardless whether the sequence of interested is encoded on the single contig or scattered across the set of edges, therefore significantly improving the recovery of sequences of interest even from fragmented metagenome assemblies.

Язык оригиналаанглийский
Название основной публикации6th International Conference on Algorithms for Computational Biology
РедакторыMiguel A. Vega-Rodríguez, Ian Holmes, Carlos Martín-Vide
ИздательSpringer Nature
Страницы80-94
Число страниц15
ISBN (печатное издание)9783030181734
DOI
СостояниеОпубликовано - 25 мая 2019
Событие6th International Conference on Algorithms for Computational Biology, AlCoB 2019 - Berkeley, Соединенные Штаты Америки
Продолжительность: 28 мая 201930 мая 2019

Серия публикаций

НазваниеLecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)
Том11488 LNBI
ISSN (печатное издание)0302-9743
ISSN (электронное издание)1611-3349

Конференция

Конференция6th International Conference on Algorithms for Computational Biology, AlCoB 2019
СтранаСоединенные Штаты Америки
ГородBerkeley
Период28/05/1930/05/19

Предметные области Scopus

  • Теоретические компьютерные науки
  • Компьютерные науки (все)

Fingerprint Подробные сведения о темах исследования «PathRacer: Racing Profile HMM Paths on Assembly Graph». Вместе они формируют уникальный семантический отпечаток (fingerprint).

  • Цитировать

    Shlemov, A., & Korobeynikov, A. (2019). PathRacer: Racing Profile HMM Paths on Assembly Graph. В M. A. Vega-Rodríguez, I. Holmes, & C. Martín-Vide (Ред.), 6th International Conference on Algorithms for Computational Biology (стр. 80-94). (Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics); Том 11488 LNBI). Springer Nature. https://doi.org/10.1007/978-3-030-18174-1_6