NPS: scoring and evaluating the statistical significance of peptidic natural product–spectrum matches

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Аннотация

Motivation: Peptidic natural products (PNPs) are considered a promising compound class that has many applications in medicine. Recently developed mass spectrometry-based pipelines are transforming PNP discovery into a high-throughput technology. However, the current computational methods for PNP identification via database search of mass spectra are still in their infancy and could be substantially improved. Results: Here we present NPS, a statistical learning-based approach for scoring PNP-spectrum matches. We incorporated NPS into two leading PNP discovery tools and benchmarked them on millions of natural product mass spectra. The results demonstrate more than 45% increase in the number of identified spectra and 20% more found PNPs at a false discovery rate of 1%.

Язык оригиналаанглийский
Номер статьиbtz374
Страницы (с-по)i315–i323
Число страниц9
ЖурналBioinformatics
Том35
Номер выпуска14
DOI
СостояниеОпубликовано - 15 июл 2019

Предметные области Scopus

  • Теория вероятности и статистика
  • Биохимия
  • Молекулярная биология
  • Прикладные компьютерные науки
  • Математика и теория расчета
  • Вычислительная математика

Fingerprint Подробные сведения о темах исследования «NPS: scoring and evaluating the statistical significance of peptidic natural product–spectrum matches». Вместе они формируют уникальный семантический отпечаток (fingerprint).

  • Виды деятельности

    • 2 выступление с устной презентацией

    NPS: scoring and evaluating the statistical significance of peptidic natural product–spectrum matches

    Алексей Александрович Гуревич (Основной докладчик), , Александр Юрьевич Шлемов (Докладчик), & Азат Мухаммедович Тагирджанов (Докладчик)

    22 июн 2019

    Деятельность: выступлениевыступление с устной презентацией

    cycloScore: Scoring and evaluating statistical significance of non-linear peptide-spectrum matches (poster)

    Алексей Александрович Гуревич (Докладчик), , Азат Мухаммедович Тагирджанов (Основной докладчик), & Александр Юрьевич Шлемов (Докладчик)

    16 июл 2018

    Деятельность: выступлениевыступление с устной презентацией

    Цитировать