Dereplication of microbial metabolites through database search of mass spectra

Hosein Mohimani, Алексей Александрович Гуревич, Александр Юрьевич Шлемов, Алла Александровна Михеенко, Антон Иванович Коробейников, Liu Cao, Егор Щербин, Louis-Felix Nothias, P. C. Dorrestein, Павел Аркадьевич Певзнер

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

31 Цитирования (Scopus)

Аннотация

Natural products have traditionally been rich sources for drug discovery. In order to clear the road toward the discovery of unknown natural products, biologists need dereplication strategies that identify known ones. Here we report DEREPLICATOR+, an algorithm that improves on the previous approaches for identifying peptidic natural products, and extends them for identification of polyketides, terpenes, benzenoids, alkaloids, flavonoids, and other classes of natural products. We show that DEREPLICATOR+ can search all spectra in the recently launched Global Natural Products Social molecular network and identify an order of magnitude more natural products than previous dereplication efforts. We further demonstrate that DEREPLICATOR+ enables cross-validation of genome-mining and peptidogenomics/glycogenomics results.

Язык оригиналаанглийский
Номер статьи4035
Число страниц12
ЖурналNature Communications
Том9
Номер выпуска1
DOI
СостояниеОпубликовано - 1 дек 2018

Предметные области Scopus

  • Физика и астрономия (все)
  • Химия (все)
  • Биохимия, генетика и молекулярная биология (все)

Fingerprint Подробные сведения о темах исследования «Dereplication of microbial metabolites through database search of mass spectra». Вместе они формируют уникальный семантический отпечаток (fingerprint).

  • Виды деятельности

    • 1 выступление с устной презентацией

    Вычислительные методы для ускорения поиска новых антибиотиков

    Алексей Александрович Гуревич (Докладчик)

    21 июл 2018

    Деятельность: выступлениевыступление с устной презентацией

    Цитировать