Assessing the significance of peptide spectrum match scores

Anastasiia Abramova, Anton Korobeynikov

Результат исследований: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференцийстатья в сборнике материалов конференциинаучнаярецензирование

Аннотация

Peptidic Natural Products (PNPs) are highly sought after bioactive compounds that include many antibiotic, antiviral and antitumor agents, immunosuppressors and toxins. Even though recent advancements in mass-spectrometry have led to the development of accurate sequencing methods for nonlinear (cyclic and branch-cyclic) peptides, requiring only picograms of input material, the identification of PNPs via a database search of mass spectra remains problematic. This holds particularly true when trying to evaluate the statistical significance of Peptide Spectrum Matches (PSM) especially when working with non-linear peptides that often contain non-standard amino acids, modifications and have an overall complex structure. In this paper we describe a new way of estimating the statistical significance of a PSM, defined by any peptide (including linear and non-linear), by using state-of-the-art Markov Chain Monte Carlo methods. In addition to the estimate itself our method also provides an uncertainty estimate in the form of confidence bounds, as well as an automatic simulation stopping rule that ensures that the sample size is sufficient to achieve the desired level of result accuracy.

Язык оригиналаанглийский
Название основной публикации17th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics, WABI 2017
ИздательSchloss Dagstuhl- Leibniz-Zentrum fur Informatik GmbH, Dagstuhl Publishing
Том88
ISBN (электронное издание)9783959770507
DOI
СостояниеОпубликовано - 1 авг 2017
СобытиеInternational Workshop on Algorithms in Bioinformatics - Boston, Соединенные Штаты Америки
Продолжительность: 21 авг 201723 авг 2017
Номер конференции: 17
http://acm-bcb.org/WABI/2017/

Серия публикаций

НазваниеLeibniz International Proceedings in Informatics, LIPIcs
ИздательSchloss Dagstuhl- Leibniz-Zentrum fur Informatik GmbH, Dagstuhl Publishing
Том88
ISSN (электронное издание)1868-8969

конференция

конференцияInternational Workshop on Algorithms in Bioinformatics
Сокращенный заголовокWABI 2017
СтранаСоединенные Штаты Америки
ГородBoston
Период21/08/1723/08/17
Адрес в сети Интернет

Предметные области Scopus

  • Программный продукт

Fingerprint Подробные сведения о темах исследования «Assessing the significance of peptide spectrum match scores». Вместе они формируют уникальный семантический отпечаток (fingerprint).

Цитировать