TY - CONF

T1 - Оценка амилоидогенного потенциала белков человека, предсказанных in silico, при помощи дрожжевой тест-системы

AU - Зелинский, Андрей

AU - Рябинина, Марина Владиславовна

AU - Козлова, Алёна Владимировна

AU - Солодухина, Ульяна Николаевна

AU - Каява, Андрей Вилхович

AU - Чернов, Юрий Олегович

AU - Рубель, Александр Анатольевич

N1 - Conference code: 6

PY - 2022

Y1 - 2022

N2 - Самовоспроизводящиеся белковые агрегаты фибриллярной природы (амилоиды) связаны с целым рядом заболеваний животных и человека. Некоторые амилоиды (прионы) способны передаваться между тканями, органами и даже организмами, обладая, таким образом, инфекционными свойствами. Однако, существуют примеры прионов и амилоидов, для которых характерна положительная биологическая роль. Например, у дрожжей и других грибов прионы могут контролировать наследуемые признаки. В последнее время накапливается всё больше данных о существовании функциональных амилоидов и у высших эукариот.На данный момент существует масса методов для анализа амилоидогенных свойств белков in silico. Эти методы довольно просты в использовании, однако их эффективность требует дальнейшей проверки in vivo и in vitro.В нашей работе мы применили биоинформатический алгоритм ArchCandy, способный выявлять возможность формирования β-арок (структур, специфических для амилоидных белков), для поиска амилоидогенных белков человека. По результатам анализа было отобрано 57 белков. Для проверки амилоидогенного потенциала данных белков in vivo, была использована, разработанная в нашей лаборатории дрожжевая тест-система, которая по фенотипу рост-отсутствие роста на селективной среде, позволяет проводить скрининг потенциально амилоидогенных белков. В анализ были взяты девять белков с наибольшим предсказанным амилоидогенным потенциалом, а также девять белков, для которых ArchCandy амилоидогенность не предсказывал. Было установлено, что как в опыте, так и в контроле 6 из 9 белков демонстрировали амилоидогенные свойства в дрожжевой модели. В настоящий момент проводится проверка достоверности полученных результатов in vitro и in vivo. Для отдельных белков, амилоидные свойства которых показаны несколькими методами, проводится анализ с использованием методов просвечивающей электронной микроскопии, биохимии и биофизики.Работа выполнена при поддержке гранта РНФ № 20-14-00148.Для выполнения исследований использовали приборные базы РЦ «ХРОМАС» и РЦ «РМиКТ» научного парка СПбГУ.

AB - Самовоспроизводящиеся белковые агрегаты фибриллярной природы (амилоиды) связаны с целым рядом заболеваний животных и человека. Некоторые амилоиды (прионы) способны передаваться между тканями, органами и даже организмами, обладая, таким образом, инфекционными свойствами. Однако, существуют примеры прионов и амилоидов, для которых характерна положительная биологическая роль. Например, у дрожжей и других грибов прионы могут контролировать наследуемые признаки. В последнее время накапливается всё больше данных о существовании функциональных амилоидов и у высших эукариот.На данный момент существует масса методов для анализа амилоидогенных свойств белков in silico. Эти методы довольно просты в использовании, однако их эффективность требует дальнейшей проверки in vivo и in vitro.В нашей работе мы применили биоинформатический алгоритм ArchCandy, способный выявлять возможность формирования β-арок (структур, специфических для амилоидных белков), для поиска амилоидогенных белков человека. По результатам анализа было отобрано 57 белков. Для проверки амилоидогенного потенциала данных белков in vivo, была использована, разработанная в нашей лаборатории дрожжевая тест-система, которая по фенотипу рост-отсутствие роста на селективной среде, позволяет проводить скрининг потенциально амилоидогенных белков. В анализ были взяты девять белков с наибольшим предсказанным амилоидогенным потенциалом, а также девять белков, для которых ArchCandy амилоидогенность не предсказывал. Было установлено, что как в опыте, так и в контроле 6 из 9 белков демонстрировали амилоидогенные свойства в дрожжевой модели. В настоящий момент проводится проверка достоверности полученных результатов in vitro и in vivo. Для отдельных белков, амилоидные свойства которых показаны несколькими методами, проводится анализ с использованием методов просвечивающей электронной микроскопии, биохимии и биофизики.Работа выполнена при поддержке гранта РНФ № 20-14-00148.Для выполнения исследований использовали приборные базы РЦ «ХРОМАС» и РЦ «РМиКТ» научного парка СПбГУ.

KW - амилоиды

KW - дрожжи

KW - ТЕСТ-СИСТЕМА

M3 - тезисы

T2 - VI ежегодная конференция ИТБМ СПбГУ<br/>«Актуальные проблемы трансляционной биомедицины – 2022»<br/>

Y2 - 25 July 2022 through 26 July 2022

ER -