A high coverage reference transcriptome assembly of pea (Pisum sativum L.) mycorrhizal roots

Переведенное название: РЕФЕРЕНСНЫЙ ТРАНСКРИПТОМ МИКОРИЗОВАННЫХ КОРНЕЙ ГОРОХА ПОСЕВНОГО (PISUM SATIVUM L.) С ВЫСОКИМ ПОКРЫТИЕМ

A.M. Afonin, I.V. Leppyanen, O.A. Kulaeva, O.Y. Shtark, I.A. Tikhonovich, E.A. Dolgikh, V.A. Zhukov

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьярецензирование

4 Цитирования (Scopus)

Аннотация

Арбускулярная микориза (AM) - это древний мутуалистический симбиоз, который образуют 80-90 % видов наземных растений с облигатно биотрофными грибами, принадлежащими к филе Glomeromycota. Этот симбиоз является взаимовыгодным, поскольку грибы AM питаются продуктами фотосинтеза растений, в свою очередь повышая эффективность поглощения питательных веществ растением из окружающей среды. Горох (Pisum sativum L.), широко распространенная сельскохозяйственная культура и важный модельный объект генетики, способен образовывать тройные симбиотические системы, состоящие из растения, грибов AM и клубеньковых бактерий. По мере распространения транскриптомных и протеомных подходов в изучении мутуалистических симбиозов гороха, для повышения разрешающей способности и точности других методов возникла необходимость в референсном транскриптоме, т. е. в знании последовательностей генов, экспрессирующихся в различных экспериментальных условиях. Многочисленные транскриптомные сборки, сконструированные для гороха, не включали микоризованные корни, поэтому целью данного исследования было создание референсной транскриптомной сборки микоризованных корней. Было проведено глубокое РНК-секвенирование транскриптома микоризованных корней Pisum sativum сорта Frisson, инокулированных Rhizophagus irregularis BEG144, и для каждого из организмов получены независимые транскриптомные сборки (покрытие 177х для транскриптома гороха и 45x для транскриптома гриба). Качество сборки транскриптома гороха оценено путем сравнения с уже имеющимися сборками транскриптомов других тканей. Для дополнительной оценки качества сборки, у двух сортов гороха (Frisson и Finale) с помощью qPCR проведен анализ экспрессии генов, специфичных для микоризованных корней, последовательности которых были найдены в созданной сборке. Исследованные гены могут служить маркерами ранних стадий развития арбускулярной микоризы у генетически разнообразных сортов гороха.
Переведенное названиеРЕФЕРЕНСНЫЙ ТРАНСКРИПТОМ МИКОРИЗОВАННЫХ КОРНЕЙ ГОРОХА ПОСЕВНОГО (PISUM SATIVUM L.) С ВЫСОКИМ ПОКРЫТИЕМ
Язык оригиналаанглийский
Страницы (с-по)331-339
ЖурналВавиловский журнал генетики и селекции
Том24
Номер выпуска4
СостояниеОпубликовано - 2020
Опубликовано для внешнего пользованияДа

Ключевые слова

  • РНК-СЕКВЕНИРОВАНИЕ
  • транскриптомика
  • арбускулярная микориза
  • горох посевной

Fingerprint

Подробные сведения о темах исследования «РЕФЕРЕНСНЫЙ ТРАНСКРИПТОМ МИКОРИЗОВАННЫХ КОРНЕЙ ГОРОХА ПОСЕВНОГО (PISUM SATIVUM L.) С ВЫСОКИМ ПОКРЫТИЕМ». Вместе они формируют уникальный семантический отпечаток (fingerprint).

Цитировать