КАРТИРОВАНИЕ ПРОТЕОМА СЕМЯН НА ОСНОВЕ BOTTOM-UP СТРАТЕГИИ С ПРИМЕНЕНИЕМ ВЭЖХ-МС

Е.М. Лукашева, М.П. Банкин, Т.В. Мамонтова, Г.Р. Мавропуло-Столяренко, А.А. Царев, Т.В. Гришина, В. Хёхенвартер, Г.Н. Смоликова, С.С. Медведев, А.А. Фролов

Результат исследований: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференцийиная часть книжной публикации

Выдержка

Протеом семян является интересным фундаментальным и прикладным объектом исследования, поскольку семена – важный источник пищи для людей и животных. Целью данной работы был анализ функций и локализации белков, выделенных из зародышей гороха (Pisum sativum) с желтыми и зелеными семядолями и из семян рапса (Brassica napus), качество которых было снижено путем длительного хранения или ускоренного старения. Из измельченного, предварительно зафиксированного в жидком азоте, биоматериала (50-150 мг) методом фенольной экстракции был выделен тотальный белок. Для растворения полученного после осаждения ацетоном белка был использован раствор содержащий хоатропные агенты – мочевину и тиомочевину, а также кислотолабильный детергент AALS II, совместимый с LC-MS. Анализ был основан на bottom-up протеомной стратегии. Для этого после измерения концентрации белка были отобраны аликвоты и проведен ограниченный протеолиз трипсином. Триптические гиролизаты были проанализированы с помощью нано-LC-ESI-Q и LIT-Orbitrap-MS в режиме data dependent acquisition (DDA). Обработка полученных масспектрометрических данных была произведена на основе комбинированных баз данных последовательностей поисковым алгоритмом SEQUEST. Было обнаружено более 1900 белков в зародышах гороха и почти вдвое меньше белков в семенах рапса. Было выявлено 34 функциональные группы белков, различным образом представленных в группах образцов. Аннотация функций и локализации белков была основана на разработанной авторами схеме с использованием инструментария ПО MapMan, LocTree3, базах данных String и KEGG. Было показано, что у зародышей гороха с желтыми семядолями в большем количестве присутствовали белки, связанные с белковым метаболизмом и окислительным катаболизмом, и LEA-белки. У семян рапса после длительного хранения значительно уменьшался пул запасных белков, LEA-белков, а также белков, ответственных за адаптацию к стрессу. Полученные данные позволяют обсуждать роль белков в устойчивости семян гороха и рапса к абиотическим стрессорам. Работа поддержана грантом РНФ №17-16-01042
Язык оригиналарусский
Название основной публикацииII Объединенный научный форум: VI Съезд биохимиков России и IX Российский симпозиум «Белки и пептиды»
Подзаголовок основной публикацииНаучные труды
Место публикацииМ.
ИздательИздательство «Перо»
Страницы268-269
Том2
ISBN (печатное издание)9785001505211 (Т. 2), 9785001505198
СостояниеОпубликовано - сен 2019
СобытиеII ОБЪЕДИНЕННЫЙ НАУЧНЫЙ ФОРУМ, VI СЪЕЗД ФИЗИОЛОГОВ СНГ,
VI СЪЕЗД БИОХИМИКОВ РОССИИ, IX РОССИЙСКИЙ СИМПОЗИУМ «БЕЛКИ И ПЕПТИДЫ»
- Гостиничный комплекс «Дагомыс», Сочи-Дагомыс, Российская Федерация
Продолжительность: 1 окт 20196 окт 2019
Номер конференции: VI
http://www.rusbiochem.org/page206.html

Серия публикаций

НазваниеACTA NATURAE (РУССКОЯЗЫЧНАЯ ВЕРСИЯ)
ISSN (печатное издание)2075-8243

Конференция

КонференцияII ОБЪЕДИНЕННЫЙ НАУЧНЫЙ ФОРУМ, VI СЪЕЗД ФИЗИОЛОГОВ СНГ,
VI СЪЕЗД БИОХИМИКОВ РОССИИ, IX РОССИЙСКИЙ СИМПОЗИУМ «БЕЛКИ И ПЕПТИДЫ»
СтранаРоссийская Федерация
ГородСочи-Дагомыс
Период1/10/196/10/19
Адрес в сети Интернет

Цитировать

Лукашева, Е. М., Банкин, М. П., Мамонтова, Т. В., Мавропуло-Столяренко, Г. Р., Царев, А. А., Гришина, Т. В., ... Фролов, А. А. (2019). КАРТИРОВАНИЕ ПРОТЕОМА СЕМЯН НА ОСНОВЕ BOTTOM-UP СТРАТЕГИИ С ПРИМЕНЕНИЕМ ВЭЖХ-МС. В II Объединенный научный форум: VI Съезд биохимиков России и IX Российский симпозиум «Белки и пептиды»: Научные труды (Том 2, стр. 268-269). (ACTA NATURAE (РУССКОЯЗЫЧНАЯ ВЕРСИЯ)). М.: Издательство «Перо».
Лукашева, Е.М. ; Банкин, М.П. ; Мамонтова, Т.В. ; Мавропуло-Столяренко, Г.Р. ; Царев, А.А. ; Гришина, Т.В. ; Хёхенвартер, В. ; Смоликова, Г.Н. ; Медведев, С.С. ; Фролов, А.А. / КАРТИРОВАНИЕ ПРОТЕОМА СЕМЯН НА ОСНОВЕ BOTTOM-UP СТРАТЕГИИ С ПРИМЕНЕНИЕМ ВЭЖХ-МС. II Объединенный научный форум: VI Съезд биохимиков России и IX Российский симпозиум «Белки и пептиды»: Научные труды. Том 2 М. : Издательство «Перо», 2019. стр. 268-269 (ACTA NATURAE (РУССКОЯЗЫЧНАЯ ВЕРСИЯ)).
@inbook{b06ff0b51a5a48a3ba081cbd5c109a39,
title = "КАРТИРОВАНИЕ ПРОТЕОМА СЕМЯН НА ОСНОВЕ BOTTOM-UP СТРАТЕГИИ С ПРИМЕНЕНИЕМ ВЭЖХ-МС",
abstract = "Протеом семян является интересным фундаментальным и прикладным объектом исследования, поскольку семена – важный источник пищи для людей и животных. Целью данной работы был анализ функций и локализации белков, выделенных из зародышей гороха (Pisum sativum) с желтыми и зелеными семядолями и из семян рапса (Brassica napus), качество которых было снижено путем длительного хранения или ускоренного старения. Из измельченного, предварительно зафиксированного в жидком азоте, биоматериала (50-150 мг) методом фенольной экстракции был выделен тотальный белок. Для растворения полученного после осаждения ацетоном белка был использован раствор содержащий хоатропные агенты – мочевину и тиомочевину, а также кислотолабильный детергент AALS II, совместимый с LC-MS. Анализ был основан на bottom-up протеомной стратегии. Для этого после измерения концентрации белка были отобраны аликвоты и проведен ограниченный протеолиз трипсином. Триптические гиролизаты были проанализированы с помощью нано-LC-ESI-Q и LIT-Orbitrap-MS в режиме data dependent acquisition (DDA). Обработка полученных масспектрометрических данных была произведена на основе комбинированных баз данных последовательностей поисковым алгоритмом SEQUEST. Было обнаружено более 1900 белков в зародышах гороха и почти вдвое меньше белков в семенах рапса. Было выявлено 34 функциональные группы белков, различным образом представленных в группах образцов. Аннотация функций и локализации белков была основана на разработанной авторами схеме с использованием инструментария ПО MapMan, LocTree3, базах данных String и KEGG. Было показано, что у зародышей гороха с желтыми семядолями в большем количестве присутствовали белки, связанные с белковым метаболизмом и окислительным катаболизмом, и LEA-белки. У семян рапса после длительного хранения значительно уменьшался пул запасных белков, LEA-белков, а также белков, ответственных за адаптацию к стрессу. Полученные данные позволяют обсуждать роль белков в устойчивости семян гороха и рапса к абиотическим стрессорам. Работа поддержана грантом РНФ №17-16-01042",
author = "Е.М. Лукашева and М.П. Банкин and Т.В. Мамонтова and Г.Р. Мавропуло-Столяренко and А.А. Царев and Т.В. Гришина and В. Хёхенвартер and Г.Н. Смоликова and С.С. Медведев and А.А. Фролов",
year = "2019",
month = "9",
language = "русский",
isbn = "9785001505211 (Т. 2)",
volume = "2",
series = "ACTA NATURAE (РУССКОЯЗЫЧНАЯ ВЕРСИЯ)",
publisher = "Издательство «Перо»",
pages = "268--269",
booktitle = "II Объединенный научный форум: VI Съезд биохимиков России и IX Российский симпозиум «Белки и пептиды»",
address = "Российская Федерация",

}

Лукашева, ЕМ, Банкин, МП, Мамонтова, ТВ, Мавропуло-Столяренко, ГР, Царев, АА, Гришина, ТВ, Хёхенвартер, В, Смоликова, ГН, Медведев, СС & Фролов, АА 2019, КАРТИРОВАНИЕ ПРОТЕОМА СЕМЯН НА ОСНОВЕ BOTTOM-UP СТРАТЕГИИ С ПРИМЕНЕНИЕМ ВЭЖХ-МС. в II Объединенный научный форум: VI Съезд биохимиков России и IX Российский симпозиум «Белки и пептиды»: Научные труды. том. 2, ACTA NATURAE (РУССКОЯЗЫЧНАЯ ВЕРСИЯ), Издательство «Перо», М., стр. 268-269, II ОБЪЕДИНЕННЫЙ НАУЧНЫЙ ФОРУМ, VI СЪЕЗД ФИЗИОЛОГОВ СНГ,
VI СЪЕЗД БИОХИМИКОВ РОССИИ, IX РОССИЙСКИЙ СИМПОЗИУМ «БЕЛКИ И ПЕПТИДЫ», Сочи-Дагомыс, Российская Федерация, 1/10/19.

КАРТИРОВАНИЕ ПРОТЕОМА СЕМЯН НА ОСНОВЕ BOTTOM-UP СТРАТЕГИИ С ПРИМЕНЕНИЕМ ВЭЖХ-МС. / Лукашева, Е.М.; Банкин, М.П.; Мамонтова, Т.В.; Мавропуло-Столяренко, Г.Р.; Царев, А.А.; Гришина, Т.В.; Хёхенвартер, В.; Смоликова, Г.Н.; Медведев, С.С.; Фролов, А.А.

II Объединенный научный форум: VI Съезд биохимиков России и IX Российский симпозиум «Белки и пептиды»: Научные труды. Том 2 М. : Издательство «Перо», 2019. стр. 268-269 (ACTA NATURAE (РУССКОЯЗЫЧНАЯ ВЕРСИЯ)).

Результат исследований: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференцийиная часть книжной публикации

TY - CHAP

T1 - КАРТИРОВАНИЕ ПРОТЕОМА СЕМЯН НА ОСНОВЕ BOTTOM-UP СТРАТЕГИИ С ПРИМЕНЕНИЕМ ВЭЖХ-МС

AU - Лукашева, Е.М.

AU - Банкин, М.П.

AU - Мамонтова, Т.В.

AU - Мавропуло-Столяренко, Г.Р.

AU - Царев, А.А.

AU - Гришина, Т.В.

AU - Хёхенвартер, В.

AU - Смоликова, Г.Н.

AU - Медведев, С.С.

AU - Фролов, А.А.

PY - 2019/9

Y1 - 2019/9

N2 - Протеом семян является интересным фундаментальным и прикладным объектом исследования, поскольку семена – важный источник пищи для людей и животных. Целью данной работы был анализ функций и локализации белков, выделенных из зародышей гороха (Pisum sativum) с желтыми и зелеными семядолями и из семян рапса (Brassica napus), качество которых было снижено путем длительного хранения или ускоренного старения. Из измельченного, предварительно зафиксированного в жидком азоте, биоматериала (50-150 мг) методом фенольной экстракции был выделен тотальный белок. Для растворения полученного после осаждения ацетоном белка был использован раствор содержащий хоатропные агенты – мочевину и тиомочевину, а также кислотолабильный детергент AALS II, совместимый с LC-MS. Анализ был основан на bottom-up протеомной стратегии. Для этого после измерения концентрации белка были отобраны аликвоты и проведен ограниченный протеолиз трипсином. Триптические гиролизаты были проанализированы с помощью нано-LC-ESI-Q и LIT-Orbitrap-MS в режиме data dependent acquisition (DDA). Обработка полученных масспектрометрических данных была произведена на основе комбинированных баз данных последовательностей поисковым алгоритмом SEQUEST. Было обнаружено более 1900 белков в зародышах гороха и почти вдвое меньше белков в семенах рапса. Было выявлено 34 функциональные группы белков, различным образом представленных в группах образцов. Аннотация функций и локализации белков была основана на разработанной авторами схеме с использованием инструментария ПО MapMan, LocTree3, базах данных String и KEGG. Было показано, что у зародышей гороха с желтыми семядолями в большем количестве присутствовали белки, связанные с белковым метаболизмом и окислительным катаболизмом, и LEA-белки. У семян рапса после длительного хранения значительно уменьшался пул запасных белков, LEA-белков, а также белков, ответственных за адаптацию к стрессу. Полученные данные позволяют обсуждать роль белков в устойчивости семян гороха и рапса к абиотическим стрессорам. Работа поддержана грантом РНФ №17-16-01042

AB - Протеом семян является интересным фундаментальным и прикладным объектом исследования, поскольку семена – важный источник пищи для людей и животных. Целью данной работы был анализ функций и локализации белков, выделенных из зародышей гороха (Pisum sativum) с желтыми и зелеными семядолями и из семян рапса (Brassica napus), качество которых было снижено путем длительного хранения или ускоренного старения. Из измельченного, предварительно зафиксированного в жидком азоте, биоматериала (50-150 мг) методом фенольной экстракции был выделен тотальный белок. Для растворения полученного после осаждения ацетоном белка был использован раствор содержащий хоатропные агенты – мочевину и тиомочевину, а также кислотолабильный детергент AALS II, совместимый с LC-MS. Анализ был основан на bottom-up протеомной стратегии. Для этого после измерения концентрации белка были отобраны аликвоты и проведен ограниченный протеолиз трипсином. Триптические гиролизаты были проанализированы с помощью нано-LC-ESI-Q и LIT-Orbitrap-MS в режиме data dependent acquisition (DDA). Обработка полученных масспектрометрических данных была произведена на основе комбинированных баз данных последовательностей поисковым алгоритмом SEQUEST. Было обнаружено более 1900 белков в зародышах гороха и почти вдвое меньше белков в семенах рапса. Было выявлено 34 функциональные группы белков, различным образом представленных в группах образцов. Аннотация функций и локализации белков была основана на разработанной авторами схеме с использованием инструментария ПО MapMan, LocTree3, базах данных String и KEGG. Было показано, что у зародышей гороха с желтыми семядолями в большем количестве присутствовали белки, связанные с белковым метаболизмом и окислительным катаболизмом, и LEA-белки. У семян рапса после длительного хранения значительно уменьшался пул запасных белков, LEA-белков, а также белков, ответственных за адаптацию к стрессу. Полученные данные позволяют обсуждать роль белков в устойчивости семян гороха и рапса к абиотическим стрессорам. Работа поддержана грантом РНФ №17-16-01042

UR - https://pure.spbu.ru/admin/files/48615932/_2_II_1_6_2019_.pdf

M3 - иная часть книжной публикации

SN - 9785001505211 (Т. 2)

SN - 9785001505198

VL - 2

T3 - ACTA NATURAE (РУССКОЯЗЫЧНАЯ ВЕРСИЯ)

SP - 268

EP - 269

BT - II Объединенный научный форум: VI Съезд биохимиков России и IX Российский симпозиум «Белки и пептиды»

PB - Издательство «Перо»

CY - М.

ER -

Лукашева ЕМ, Банкин МП, Мамонтова ТВ, Мавропуло-Столяренко ГР, Царев АА, Гришина ТВ и соавт. КАРТИРОВАНИЕ ПРОТЕОМА СЕМЯН НА ОСНОВЕ BOTTOM-UP СТРАТЕГИИ С ПРИМЕНЕНИЕМ ВЭЖХ-МС. В II Объединенный научный форум: VI Съезд биохимиков России и IX Российский симпозиум «Белки и пептиды»: Научные труды. Том 2. М.: Издательство «Перо». 2019. стр. 268-269. (ACTA NATURAE (РУССКОЯЗЫЧНАЯ ВЕРСИЯ)).