Идентификация последовательностей, кодирующих ncr-пептиды и дефензины, в метасборке транскриптома азотфиксирующих клубеньков гороха посевного (Pisum sativum L.)

Евгений Андреевич Зорин, Марина Сергеевна Клюкова, Ольга Алексеевна Кулаева, Алексей Михайлович Афонин, Игорь Анатольевич Тихонович, Владимир Александрович Жуков

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьярецензирование

1 Цитирования (Scopus)

Аннотация

Активное и зачастую бесконтрольное применение антибиотиков в медицине и сельском хозяйстве приводит к возникновению резистентности к используемым веществам, что снижает эффективность их применения. Один из способов решения данной проблемы - разработка новых антибиотиков на основе растительных пептидов, обладающих антимикробной активностью. К таковым относятся дефензины (характерные для всех растений) и NCR-пептиды, специфически синтезируемые в клубеньках некоторых бобовых растений. В настоящем исследовании из доступных данных РНК-секвенирования транскриптома клубеньков гороха посевного (Pisum sativum L.) была получена метасборка транскриптома, использованная для поиска последовательностей, кодирующих антимикробные пептиды. В результате было идентифицировано 55 и 908 уникальных последовательностей, кодирующих дефензины и NCR-пептиды соответственно. Последовательности, для которых был предсказан сайт узнавания сигнальной пептидазой, были разделены на сигнальную и зрелую части пептида. Среди зрелых дефензинов антимикробной активностью, предсказанной in silico, обладают 22 пептида, среди представителей семейства NCR-пептидов - 422 последовательности. Таким образом, были идентифицированы гены, экспрессирующиеся в азотфиксирующих клубеньках гороха и кодирующие дефензины и NCR-пептиды, являющиеся кандидатами для проверки их антимикробной активности в опытах in vitro.

Переведенное названиеIdentification of sequences encoding for NCR-peptides and defensins in the 'meta-assembly' of transcriptome of pea (Pisum sativum L.) nitrogen-fixing nodules
Язык оригиналарусский
Страницы (с-по)39-46
ЖурналЭКОЛОГИЧЕСКАЯ ГЕНЕТИКА
Том17
Номер выпуска3
DOI
СостояниеОпубликовано - 2019

Предметные области Scopus

  • Экология, эволюция поведение и систематика
  • Биохимия
  • Экология
  • Генетика
  • Генетика (клиническая)

Ключевые слова

  • АНТИМИКРОБНЫЕ ПЕПТИДЫ РАСТЕНИЙ
  • АЗОТФИКСИРУЮЩИЕ КЛУБЕНЬКИ
  • бобово-ризобиальный симбиоз
  • транскриптомика
  • ДЕФЕНЗИНЫ

Fingerprint Подробные сведения о темах исследования «Идентификация последовательностей, кодирующих ncr-пептиды и дефензины, в метасборке транскриптома азотфиксирующих клубеньков гороха посевного (Pisum sativum L.)». Вместе они формируют уникальный семантический отпечаток (fingerprint).

Цитировать