Полученные результаты позволят всесторонне описать роль РТ в противоопухолевом иммунном ответе, а также выявить и охарактеризовать процессы, способствующие этому. В настоящее время, основные направления научного поиска в этой области ограничиваются изучением либо частностей механизма интерферонового ответа, индуцированного состоянием вирусной мимикрии, либо противоопухолевых неоэпитопов, образующихся в результате неконтролируемой, хаотической экспрессии эндогенных ретровирусов. Отличие нашего проекта в том, что его целью является поиск механистических и регуляторных связей между такими, на первый взгляд, совсем разными процессами как: экспрессия ретротранспозонов, модуляция эпигенетического ландшафта и активация иммунного ответа, что позволит, наконец, построить целостную картину и описать явление вирусной мимикрии во всех его частностях. Для достижения поставленной задачи, во‒первых, мы стремимся описать и охарактеризовать механизмы и сигнальные пути, контролирующие ингибирование и активацию РТ в опухолевых клетках, а также описать последствия, вызываемые эпигенетическими препаратами. Эти результаты будут способствовать выявлению ключевых регуляторов активности РT и помогут разработать новые перспективные подходы к уничтожению раковых клеток. Во‒вторых, мы создадим вычислительную структуру для предсказания неоэпитопов, производимых РТ, которая, учитывая информацию о типе опухоли, генетических факторах популяции (в частности, HLA статусе) и пр. позволит приоритизировать неоантигены и определить наиболее перспективные из них для дальнейшего создания онковакцин. Наконец, мы оценим достоверность полученных результатов (т.е. предсказанных неоэпитопов) в серии протеомных экспериментов (масс-спектрометрический анализ пептидов, аффинных к факторам MHC I). Предполагается, что вычислительные методы и программные продукты, разработанные в ходе проекта, могут быть в дальнейшем применены для создания терапевтических противораковых вакцин и, при необходимости, легко адаптированы для дизайна вакцин против инфекционных заболеваний. Мы надеемся, что детальное описание роли ретротранспозонов в запуске противоопухолевого иммунного ответа, станет основой для разработки новых стратегий терапии рака.
