описание

Объектом исследования является CRISPR/Cas технология, которая служит целенаправленным подходом к манипулированию и исследованию генома, в том числе и созданию мышиных моделей заболевания человека.
Целью работы является создание генетически модифицированных мышей, моделирующих различные социально значимые заболевания человека, разработка тест-системы на основе нуклеазы Cas12а для экспресс-генотипирования генетически модифицированных мышей, и направленное нокаутирование генов, определяющих резистентность бактерий Staphylococcus aureus к антибиотикам.
В работе были использованы методы молекулярной биологии, биоинформатики, эмбриологии, цитологии, микробиологии, биохимии. Для получения линии мышей c геном, кодирующим гибридный белок Voltron, мы создали плазмидную генетическую конструкцию. Для получения генетически модифицированных мышей мы инъецировали генетические конструкции на основе CRISPR/Cas9 в зиготы. Для разработки новой стратегии генотипирования мышей мы использовали методику, основанную на коллатеральной активности нуклеазы LbСas12a. Для получения нокаутных стафилококков была использована двухкомпонентная система на основе Сas9 и рекомбиназы.
В результате исследования были получены научные результаты: создана плазмидная конструкция для интеграции гена Voltron в локус ROSA26; получена трансгенная линия мышей со вcтроенным геном Voltron в локусе ROSA26; получена линия мышей с нокаутом гена grin3a; получена новая линия мышей c трансгеном, кодирующим Voltron, интегрированным в локус ROSA26 и нокаутом гена grin3a; получена линия мышей с нокаутом гена pde6b; проведен пилотный эксперимент по валидации прототипа препарата генной терапии для лечения слепоты у мышей с аутосомно рецессивным ретинитом; разработана тест система для экспресс-генотипирования мышей, несущих мутации в гене grin3a, подана заявка на патент, получены два штамма золотистого стафилококка, нокаутных по одному из генов: pbp4 и gdpP.
Исследование генетически модифицированных животных, моделирующих социально значимые заболевания человека, созданных при помощи технологии CRISPR/Сas, открывает широкие перспективы для исследования патогенеза заболеваний человека и валидации новых, в том числе генетических методов их лечения.

описание для неспециалистов

Создание животных моделей заболевания человека с использованием различных технологий направленного редактирования генома имеет особую важность для биомедицинских исследований в области нейробиологии, иммунологии, онкологии. Традиционно, получение трансгенных животных происходит путем введения плазмидной ДНК - трансгена - в пронуклеус зиготы. Одним из недостатков данного метода является то, что трансген случайно интегрируется в геном реципиента. В случае направленной интеграции трансгена в локус генома ROSA26 появилась возможность получать животных с постоянным уровнем экспрессии введенного трансгена почти во всех клетках организма. Исследования на животных моделях со вставкой трансгена в локусе ROSA26 предполагают большую точность и воспроизводимость результатов, чем исследования, выполненные на традиционных трансгенных моделях.
В данном проекте мы создали мышиную модель Болезни Альцгеймера. Для этой цели мы выключили ген grin3a, кодирующий белок Glun3A и встроили ген, кодирующий белок Вольтрон в локус генома мыши ROSA 26. Ген Grin3a кодирует белок Glun3A, который является субъединицей ионотропного глутаматного рецептора N-метил-D-аспартата. Глутамат является основным возбуждающим нейромедиатором в центральной нервной системе позвоночных. Генетически закодированные индикатор напряжения Вольтрон произвел революцию в мониторинге активности нейронов. В дальнейшем полученная модель может быть использована для разработки подходов генной терапии при помощи вирусных конструкций, обеспечивающих локальную экспрессию GluN3A.
Пигментный ретинит, ассоциированный с мутацией в гене pde6b, является одной из серьезных причин необратимой слепоты и инвалидизации в трудоспособном возрасте в развитых странах. Известно, что мутации в гене pde6b приводят к развитию ранней слепоты у человека. Поскольку ген pde6b мыши имеет ортологичные отношения интрон-экзон, сравнимые с геном pde6b человека, то использование животных моделей хорошо подходит для изучения патогенеза пигментного аутосомно-рецессивного ретинита человека и разработки терапевтических подходов для лечения данного заболевания. В рамках данного проекта мы создали и запатентовали мышиную модель болезни аутосомно рецессивного пигментного ретинита с нокаутом гена pde6b. Данная модель представляет собой интерес для оценки эффективности различных прототипов препаратов генной терапии на основе аденоассоциированных векторов.

основные результаты по проекту в целом


основные результаты по этапу (подробно)

В рамках данного проекта было создано две мышиных модели заболеваний человека- болезни Альцгеймера и аутосомно-рецессивного ретинита. На одну из них получен патент (номер патента: № RU 2 791 687 C1), а на вторую подана заявка на патент.
Точные причины возникновения Болезни Альцгеймера у большинства пациентов остаются неизвестными. Одной из гипотез является нарушение гомеостаза ионов кальция за счет чрезмерной активности рецепторов NMDAR, что в конечном итоге вызывает апоптоз. Белок Glun3A, кодируемый геном grin3а, является регуляторной субъединицей NMDAR. Рецепторы NMDAR, в состав которых входит субъединица GluN3A, активируются глицином и не способны активироваться глутаматом. Было выдвинуто предположение, что GluN3A имеет важное значение для устойчивого гомеостаза Ca2+, и дефицит этого белка является патогенным для БА. Изучение моделей животных с нокаутом гена grin3а имеет большое значение для понимания патогенеза нейродегенеративных заболеваний головного мозга, в частности БА. Для поиска новых терапевтических подходов и доклинических исследований новых лекарственных препаратов для лечения БА необходимы адекватные животные модели. Доступность подходящих и легко генерируемых моделей животных важна для доклинической оценки потенциальных методов лечения БА, предназначенных для использования у людей.
В мире широко ведутся исследования, посвященные биофизическим свойствам нейронов и особенностям нейропередачи. Существуют многочисленные методы, основанные на использовании изменения оптических свойствах мозговой ткани в зависимости от физиологического состояния. Эти методы могут быть применены in vitro и in vivo, - в последнем случае – как транскраниально, так и на открытом мозге, в клинической практике и в экспериментах на животных. Генетически закодированные индикаторы напряжения произвели революцию в мониторинге активности нейронов, предлагая исключительную точность как пространственного, так и временного разрешения. Однако эффективность индикаторов напряжения тока сдерживается ограниченной яркостью и фотостабильностью флуоресцентных белков и родопсино. Гибридный генетически закодированный индикатор напряжения Voltron в комплексе с синтетическими красителями превосходит традиционные флуорофоры на основе белков по уровню яркости и стабильност. Следовательно, Voltron позволяет получать изображения нейронов in vivo и значительно увеличить продолжительность визуализации. Недавний прогресс в области флуоресцентной визуализации предоставил нейробиологам возможность наблюдать за сложной работой множества отдельных нейронов. Кроме того, активное развитие оптического инструментария также предполагает, что трансгенные мыши, несущие индикатор напряжения Voltron, потенциально могут служить ценными моделями для будущих исследований по визуализации мозга.
Пигментный ретинит, ассоциированный с мутацией в гене pde6b, является одной из серьезных причин необратимой слепоты и инвалидизации в трудоспособном возрасте в развитых странах. Ген pde6b кодирует β-субъединицу фосфодиэстеразы циклического гуанидинмонфосфата (цГМФ). Инактивирующие мутации в гене pde6b приводят к постоянному открытию управляемых цГМФ катионных каналов в мембране фоторецепторов, что вызывает гибель данных клеток в результате апоптоза. В рамках данного проекта мы создали и запатентовали мышиную модель болезни аутосомно рецессивного пигментного ретинита с нокаутом гена pde6b. Данная модель представляет собой интерес для оценки эффективности различных прототипов препаратов генной терапии на основе аденоассоциированных векторов.
Рекомбинантные аденоассоциированные вирусные векторы широко используются в качестве носителей для доставки генетических конструкций в клетки сетчатки. Внедрение в клиническую офтальмологическую практику методов генной терапии позволит значительно увеличить эффективность лечения ряда глазных заболеваний, многие формы которых до недавнего времени считались неизлечимыми. Наиболее распространенными видами моногенных заболеваний сетчатки, потенциально пригодных к лечению генной терапией, являются патологии, приводящие к нарушению фототрансдукции. Аденоассоциированные вирусные векторы, несущие элементы цикла фототрансдукции, – это принципиально новый класс лекарственных средств на основе генетически измененных вирусов, способных специфично доставлять необходимый генетический материал в клетки органа зрения, восстанавливая при этом функцию недостающих молекулярных и клеточных структур.

основные результаты по этапу (кратко)

В рамках данного проекта мы разработали протоколы микроинъекций аденоассоциированных векторов (8, 9, 5 и 7m8 серотипов) в субретинальное пространство новорожденных мышей (возраст 12 дней). Были подобраны оптимальные объемы и концентрации аденоассоциированных векторов, отработаны протоколы для приготовления гистологических препаратов сетчатки мышей с нокаутом гена pde6b. Мы проанализировали работоспособность различных аденоассоциированых векторов, несущих маркерный ген GFP, и выбрали два из них для дальнейшего исследования.
Наработанный нами рекомбинантный белок LbCas12a был использован для разработки тест систем для экспресс-генотипирования. Апробация этого метода для генотипирования полученных нами мышей с нокаутом гена grin3a показала его высокую эффективность и специфичность.
В рамках данного проекта мы расширили использование технологии CRISPR/Cas в исследовании антибиотикорезистентности. Мы использовали двухкомпонентную систему для включения синтетических мутагенных молекул ДНК в геном золотистого стафилококка и для удаления клеток, в которых отсутствует искусственная мутация. Этот метод позволяет проводить эффективную, точную и высокопроизводительную генную инженерию S. aureus и будет способствовать исследованиям, направленным на выявление функций конкретных генов. В частности, мы получили делеции в геноме Staphylococcus aureus, приводящие к инактивации белков pbp4 и gdpP для изучения их влияния на устойчивость к бета-лактамным антибиотикам и ванкомицину. Направленное генетическое изменение генома бактерий имеет решающее значение для понимания функции конкретных генов при изучении проблемы антибиотикорезистентности. В работе были использованы методы молекулярной биологии, биоинформатики, эмбриологии, цитологии, микробиологии, биохимии. Для получения линии мышей c геном, кодирующим гибридный белок Voltron, мы создали плазмидную генетическую конструкцию. Для получения генетически модифицированных мышей мы инъецировали генетические конструкции на основе CRISPR/Cas9 в зиготы. Для разработки новой стратегии генотипирования мышей мы использовали методику, основанную на коллатеральной активности нуклеазы LbСas12a. Для получения нокаутных стафилококков была использована двухкомпонентная система на основе Сas9 и рекомбиназы.
В результате исследования были получены научные результаты: создана плазмидная конструкция для интеграции гена Voltron в локус ROSA26; получена трансгенная линия мышей со вcтроенным геном Voltron в локусе ROSA26; получена линия мышей с нокаутом гена grin3a; получена новая линия мышей c трансгеном, кодирующим Voltron, интегрированным в локус ROSA26 и нокаутом гена grin3a; получена линия мышей с нокаутом гена pde6b; проведен пилотный эксперимент по валидации прототипа препарата генной терапии для лечения слепоты у мышей с аутосомно рецессивным ретинитом; разработана тест система для экспресс-генотипирования мышей, несущих мутации в гене grin3a, подана заявка на патент, получены два штамма золотистого стафилококка, нокаутных по одному из генов: pbp4 и gdpP.
По результатам исследования были поданы заявки на гранты РНФ:
1. Разработка прототипа системы для экспресс-диагностики антибиотикорезистентных бактерий на примере карбапенем-резистентных клебсиелл (номер заявки 24-24-00511). Заявка зарегистрирована: 15.06.2023
2. Создание платформы для индивидуальной диагностики и таргетной генной терапии мочекаменной болезни, ассоциированной с накоплением цистина, на моделях мышей (номер заявки 24-64-00004). Заявка зарегистрирована: 09.11.2023

описание вклада в работу каждого из участников (учётная форма ЦИТиС)

Наработку и очистку рекомбинантных белков Cas12а и Cas12b с использованием плазмиду pMBP-Cas12a делали Ю.В. Сопова, О. А. Кириллов
Сборка последовательности, кодирующей белок Voltron, in vitro - Ю.В. Сопова, О. А. Кириллов
Получение генно-инженерных конструкций для направленного встраивания трансгена в локус ROSA26 проводили с помощью современных молекулярно-биологических методов А.В. Чиринскайте, Е.В. Маркова
Выбор последовательности для внесения вставки в локус ROSA26, тестирования нуклеазной активности белков Сas12a и подбор праймеров для ПЦР проводили с помощью программы Ю.В. Сопова, О. А. Кириллов
Получение зигот мышей, культивирование зигот до стадии бластоцисты, микроинъекции генетических конструкций в цитоплазму зигот, выполнение микрохирургических операций по вазэктомированию самцов и подсадке зигот псевдобеременным самкам выполняла Е.И. Леонова, И. И. Ахмаров
Получение генетически модифицированных мышей с нокаутом генов grin3a и pde6b Е.И. Леонова, И. И. Ахмаров, А.В. Чиринскайте
Разработку метода микроинъекций в субретинальное пространство глаза мышей выполняла Е.И. Леонова
Разработку и создание тест систем экспресс генотипирования мышей с помощью Cas12 нуклеаз выполняли Е.И. Леонова, Ю.В. Сопова, , А.В. Чиринскайте, Е.В. Маркова и О.А. Кириллов
В написание научных публикаций по теме НИР участвовали все члены коллектива: Е.И. Леонова, Ю.В. Сопова, , А.В. Чиринскайте, Е.В. Маркова

Участие в конференциях: Е.И. Леонова, Ю.В. Сопова, А.В. Чиринскайте,

передача полной копии отчёта третьим лицам для некоммерческого использования: разрешается/не разрешается (учётная форма ЦИТиС)

не разрешается

проверка отчёта на неправомерные заимствования во внешних источниках: разрешается/не разрешается (учётная форма ЦИТиС)

не разрешается
Краткое названиеGZ-2023
АкронимITBM_2020 - 4
СтатусЗавершено
Эффективные даты начала/конца1/01/2331/12/23

    Области исследований

  • Гуманизированные животные, трансгенные животные, система CRISPR/Cas, редактирование генома, локус ROSA 26

ID: 94030690