EMBL-European Bioinformatics Institute, Dr. Rob Finn, Team Leader Sequence Families.
Др. Роб Финн; h-индекс 25 по Scopus; 6216 цитирований по Scopus; Scopus author Id: 57201833010)
Тематика совместной работы: работа над совместной статьей о распределенном метагеномном сборщике (ассемблере) hpcSPAdes и его интеграции в высокопроизводительную цепочку анализа метагеномов
EMBL-EBI;
Прочие источники финансирования поездки: грант РФФИ 18-54-74004 (конкурс ЕМБЛ_т, совместно с Др. Робом Финном).
Смета поездки:
1) 20 тыс. рублей – авиабилеты СПб-Лондон-СПб (софинансирование из гранта РФФИ)
2) 35 тыс. рублей – гостиница в Welcome Trust Genome Campus
3) 12.5 тыс. рублей – суточные
4) 5 тыс. рублей – поезд Лондон-Кембридж-Лондон
НИР СПбГУ: Лаборатория "Центр биоинформатики и алгоритмической биотехнологии" в СПбГУ. PureID 28396104.
EMBL-European Bioinformatics Institute, Dr. Rob Finn, Team Leader Sequence Families.
Др. Роб Финн; h-индекс 25 по Scopus; 6216 цитирований по Scopus; Scopus author Id: 57201833010)
Тематика совместной работы: работа над совместной статьей о распределенном метагеномном сборщике (ассемблере) hpcSPAdes и его интеграции в высокопроизводительную цепочку анализа метагеномов EMBL-EBI;
Основные результаты:
- обсужден отчет по выполнению работ 2019 года для РФФИ;
- составлен детальный план развития платформы MGnify на 2020 год и более полной адаптации геномного сборщика SPAdes к работе с метагеномными данными в рамках платформы MGnify;
- на базе опубликованной совместной статьи* разработана программа практической части конференции BiATA 2020 (http://biata2020.spbu.ru/workshop), которую меы будем проводить в Санкт-Петербурге в 2020 году
- *Статья:
MGnify: the microbiome analysis resource in 2020
Alex L Mitchell, Alexandre Almeida, Martin Beracochea, Miguel Boland, Josephine Burgin, Guy Cochrane, Michael R Crusoe, Varsha Kale, Simon C Potter, Lorna J Richardson, Ekaterina Sakharova, Maxim Scheremetjew, Anton Korobeynikov, Alex Shlemov, Olga Kunyavskaya, Alla Lapidus, Robert D Finn
Nucleic Acids Research, Volume 48, Issue D1, 08 January 2020, Pages D570–D578, https://doi.org/10.1093/nar/gkz1035
