Вторичные (специализированные) метаболиты пептидной структуры (ВМПС) являются богатым источником ценных с точки зрения медицины веществ (антибиотики, антимикотики, витамины, иммунодепрессанты и другие).
Успехи последних лет в развитии биотехнологий существенно упростили и ускорили исследования в области ВМПС и позволили накопить огромные объемы данных высокого разрешения о ВМПС. В рамках предложенного проекта будет создана база данных гипотетических ВМПС, полученная на основе высокопроизводительного анализа десятков тысяч геномов микроорганизмов из общедоступных данных. Разработанные алгоритмы и структуры данных позволят быстро сопоставлять с этой базой большие объемы масс-спектрометрических данных (сотни тысяч/миллионы), выявлять и подробно анализировать наиболее вероятные из предсказанных соединений.

В рамках данного этапа планируется выполнить подготовительные работы, необходимые для создания базы данных. Конкретнее по пунктам:
1) Сформировать список исходных геномных последовательностей организмов-продуцентов ВМПС и скачать их из базы NCBI RefSeq.
2) Проанализировать и выбрать сторонние инструменты для предсказания ВМПС по геномным последовательностям.
3) Запустить крупномасштабную обработку скачанных геномных данных выбранными инструментами-предсказателями.
4) Создать утилиту для генерации наборов гипотетических ВМПС на основе предсказанной “базовой” структуры.
5) Разработать интерактивный визуализатор соответствий гипотетический ВМПС--масс-спектр.