Заполнение пробелов в расшифровке геномов птиц и рептилий: организация рибосомной ДНК: 2022 г. этап 1

Проект: исполнение гранта/договораисполнение этапа гранта/договора

Сведения о проекте

описание

За последние три года коллективом был наработан следующий научный задел:
Разработана проблема организации ДНК ядрышкообразующих районов и функционирования рибосомных генов в оогенезе птиц и рептилий (Dyomin et al., 2019; Davidian et al., 2020).
Члены коллектива владеют методами пробоподготовки для высокопроизводительного секвенирования, анализа "сырых" последовательностей, поиска и количественного анализа повторяющихся последовательностей (Dyomin et al., 2019; Komissarov et al., 2018). В течение последних лет расшифрована полная последовательность рибосомного повтора в геномах представителей группы Sauropsida (Saifitdinova et al., 2019; Dyomin et al., 2019). Получены новые данные о функционировании рибосомных повторов в геномах рептилий (Davidian et al., 2020).

Давидьян АГ, Кошель ЕИ, Лаврова ОБ, Дёмин АГ, Галкина СА, Сайфитдинова АФ, Гагинская ЕР Функциональные особенности ядрышкового организатора в растущих ооцитах неполовозрелых самок птиц // Онтогенез. 2017. 48 (3):1-
8. DOI: 10.7868/S047514501703003X;
Davidian A., Koshel E., Dyomin A., Galkina S., Saifitdinova A., Gaginskaya E. On some structural and evolutionary aspects of rDNA amplification in oogenesis of Trachemys scripta turtles // Cell and Tissue Research. 2020. doi: 10.1007/s00441-020-03282-x;
Dyomin A., Galkina S., Fillon V., Cauet S., Lopez-Roques C., Rodde N., Klopp C., Vignal A., Sokolovskaya A., Saifitdinova A., Gaginskaya E. Structure of the intergenic spacers in chicken ribosomal DNA // Genetics Selection Evolution. 2019. 51(1), 59. doi: 10.1186/s12711-019-0501-7;
Dyomin A., Koshel E., Kiselev A., Saifitdinova A., Galkina S., Fukagawa T., Kostareva A., Gaginskaya E. (2016) Chicken rRNA gene cluster structure // PLoS One. 11(6), e0157464. doi: 10.1371/journal.pone.0157464;
Dyomin A., Volodkina V., Koshel E., Galkina S., Saifitdinova A., Gaginskaya E. Evolution of ribosomal internal transcribed spacers in Deuterostomia. Mol Phylogenet Evol // 2017. 116, 87-96. doi: 10.1016/j.ympev.2017.08.015;
Komissarov A.S., Galkina S.A., Koshel E.I., Kulak M.M., Dyomin A.G., O'Brien S.J., Gaginskaya E.R., Saifitdinova A.F. New high copy tandem repeat in the content of the chicken W chromosome // Chromosoma. 2018. 127(1), 73-83. doi:
10.1007/s00412-017-0646-5;
Koshel E., Galkina S., Demin A., Saifitdinova A., Deryusheva S., Gaginskaya E. Ribosomal RNA gene functioning in avian oogenesis // Cell and Tissue Research. 2016. 366(3), 533-542. doi: 10.1007/s00441-016-2444-4.
АкронимRSF_SRG_2022 - 1
СтатусАктивный
Действительная дата начала/окончания1/01/2231/12/22

Ключевые слова

  • рибосомная ДНК
  • межгенный спейсер IGS
  • 5S рРНК
  • молекулярная эволюция
  • птицы
  • рептилии
  • амплификация рДНК в оогенезе