• 1607 всего цитирований публикаций, внесённых в Pure
  • 17 h-индекс по публикациям в Pure
20062020
Если Вы внесли какие-либо изменения в Pure, они скоро будут показаны здесь.

Результаты исследований 2006 2020

6 Цитирования (Scopus)

A Maldiisotopic Approach to Discover Natural Products: Cryptomaldamide, a Hybrid Tripeptide from the Marine Cyanobacterium Moorea producens

Kinnel, R. B., Esquenazi, E., Leao, T., Moss, N., Mevers, E., Pereira, A. R., Monroe, E. A., Korobeynikov, A., Murray, T. F., Sherman, D., Gerwick, L., Dorrestein, P. C. & Gerwick, W. H., 26 мая 2017, В : Journal of Natural Products. 80, 5, стр. 1514-1521 8 стр.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Cyanobacteria
Biological Products
Genes
Biosynthesis
Amidinotransferases
6 Цитирования (Scopus)

A novel uncultured heterotrophic bacterial associate of the cyanobacterium Moorea producens JHB

Cummings, S. L., Barbé, D., Leao, T. F., Korobeynikov, A., Engene, N., Glukhov, E., Gerwick, W. H. & Gerwick, L., 2016, В : BMC Microbiology. 16, 1

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Cyanobacteria
Genome
Bacteria
Acidobacteria
Transposases
167 Цитирования (Scopus)

Assembling Genomes and mini-metagenomes from highly chimeric reads

Nurk, S., Bankevich, A., Antipov, D., Gurevich, A., Korobeynikov, A., Lapidus, A., Prjibelsky, A., Pyshkin, A., Sirotkin, A., Sirotkin, Y., Stepanauskas, R., McLean, J., Lasken, R., Clingenpeel, S. R., Woyke, T., Tesler, G., Alekseyev, M. A. & Pevzner, P. A., 2013, Research in Computational Molecular Biology - 17th Annual International Conference, RECOMB 2013, Beijing, China, April 7-10, 2013. Proceedings. Lecture Notes in Computer Science 7821. стр. 158-170

Результат исследований: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференцийстатья в сборнике материалов конференциинаучная

9 Цитирования (Scopus)

Assembling short reads from jumping libraries with large insert sizes

Vasilinetc, I., Prjibelski, A. D., Gurevich, A., Korobeynikov, A. & Pevzner, P. A., 2015, В : Bioinformatics. 31, 20, стр. 3262-3268

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Libraries
Bacterial Genomes
Sequencing
Preparation
Genome
423 Цитирования (Scopus)

Assembling Single-Cell Genomes and Mini-Metagenomes From Chimeric MDA Products

Nurk, S., Bankevich, A., Antipov, D., Gurevich, A. A., Korobeynikov, A., Lapidus, A., Prjibelski, A. D., Pyshkin, A., Sirotkin, A., Sirotkin, Y., Stepanauskas, R., Clingenpeel, S. R., Woyke, T., McLean, J. S., Lasken, R., Tesler, G., Alekseyev, M. A. & Pevzner, P. A., 2013, В : Journal of Computational Biology. 20, 10, стр. 714-737

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Assessing the significance of peptide spectrum match scores

Abramova, A. & Korobeynikov, A., 1 авг 2017, 17th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics, WABI 2017. Schloss Dagstuhl- Leibniz-Zentrum fur Informatik GmbH, Dagstuhl Publishing, Том 88. 14. (Leibniz International Proceedings in Informatics, LIPIcs; том 88).

Результат исследований: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференцийстатья в сборнике материалов конференциинаучнаярецензирование

Peptides
Antibiotics
Markov processes
Mass spectrometry
Amino acids
2 Цитирования (Scopus)

Autoprobiotics as an Approach for Restoration of Personalised Microbiota

Суворов, А. Н., Карасева, А. Б., Котылева, М. П., Кондратенко, Ю. Д., Лавренова, Н., Коробейников, А. И., Козырев, П. А., Крамская, Т. А., Леонтьева, Г., Кудрявцев, И. В., Guo, D., Лапидус, А. Л. & Ермоленко, Е. И., 12 сен 2018, В : Frontiers in Microbiology. 9, 1869.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Открытый доступ
66 Цитирования (Scopus)

Basic Singular Spectrum Analysis and forecasting with R

Golyandina, N. & Korobeynikov, A., 2014, В : Computational Statistics and Data Analysis. 71, стр. 934-954

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

161 Цитирования (Scopus)

BayesHammer: Bayesian clustering for error correction in single-cell sequencing

Nikolenko, S. I., Korobeynikov, A. I. & Alekseyev, M. A., 2013, В : BMC Genomics. 14, S7, стр. 1-11

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

1 цитирование (Scopus)

BiosyntheticSPAdes: reconstructing biosynthetic gene clusters from assembly graphs

Meleshko, D., Mohimani, H., Tracanna, V., Hajirasouliha, I., Medema, M. H., Korobeynikov, A. & Pevzner, P. A., 1 авг 2019, В : Genome Research. 29, 8, стр. 1352-1362

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Открытый доступ
Multigene Family
Metagenomics
Genome
Microbial Genome
Firearms

CDSnake: Snakemake pipeline for retrieval of annotated OTUs from paired-end reads using CD-HIT utilities

Kondratenko, Y., Korobeynikov, A. & Lapidus, A., 8 ноя 2019, В : BMC Bioinformatics. 20, Suppl 17, стр. 516 P6.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхтезисы

74 Цитирования (Scopus)

Characterization of Cyanobacterial Hydrocarbon Composition and Distribution of Biosynthetic Pathways

Coates, R. C., Podell, S., Korobeynikov, A., Lapidus, A., Pevzner, P., Sherman, D. H., Allen, E. E., Gerwick, L. & Gerwick, W. H., 2014, В : PLoS ONE. 9, 1, стр. e85140

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

70 Цитирования (Scopus)

Combining Mass Spectrometric Metabolic Profiling with Genomic Analysis: A Powerful Approach for Discovering Natural Products from Cyanobacteria

Kleigrewe, K., Almaliti, J., Tian, I. Y., Kinnel, R. B., Korobeynikov, A., Monroe, E. A., Duggan, B. M., Di Marzo, V., Sherman, D. H., Dorrestein, P. C., Gerwick, L. & Gerwick, W. H., 2015, В : Journal of Natural Products. 78, 7, стр. 1671-1682

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Cyanobacteria
Biological Products
Genes
Genome
Multigene Family
23 Цитирования (Scopus)

Comparative genomics uncovers the prolific and distinctive metabolic potential of the cyanobacterial genus Moorea

Leao, T., Castelão, G., Korobeynikov, A., Monroe, E. A., Podell, S., Glukhov, E., Allen, E. E., Gerwick, W. H. & Gerwick, L., 21 мар 2017, В : Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 114, 12, стр. 3198-3203 6 стр.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

genomics
secondary metabolites
genome
Cyanobacteria
multigene family

Computation- and space-efficient implementation of SSA

Korobeynikov, A., 2010, В : Statistics and its Interface. 3, 3, стр. 357-368

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Consistency of Parametric MLE Under Mixed Case Interval Censoring

Korobeynikov, A., 2012, В : Communications in Statistics Part B: Simulation and Computation. 41, 7, стр. 1083-1092

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Interval Censoring
Maximum likelihood estimation
Inspection
Maximum likelihood
Parametric Model
20 Цитирования (Scopus)

Dereplication of microbial metabolites through database search of mass spectra

Mohimani, H., Гуревич, А. А., Шлемов, А. Ю., Михеенко, А. А., Коробейников, А. И., Cao, L., Щербин, Е., Nothias, L-F., Dorrestein, P. C. & Певзнер, П. А., 1 дек 2018, В : Nature Communications. 9, 1, 12 стр., 4035.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Открытый доступ
metabolites
Metabolites
Biological Products
mass spectra
Databases
19 Цитирования (Scopus)

Estimation of Ion-Site Association Constants in Ion-selective Electrode Membranes by Modified Segmented Sandwich Membrane Method

Михельсон, К. Н., Пешкова, М. А. & Коробейников, А. И., 2008, В : Electrochimica Acta. 53, 19, стр. 5819-5826 7 стр.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

13 Цитирования (Scopus)

Expanding the Described Metabolome of the Marine Cyanobacterium Moorea producens JHB through Orthogonal Natural Products Workflows

Boudreau, P. D., Monroe, E. A., Mehrotra, S., Desfor, S., Korobeynikov, A., Sherman, D. H., Murray, T. F., Gerwick, L., Dorrestein, P. C. & Gerwick, W. H., 2015, В : PLoS ONE. 10, 7

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Moorea producens
metabolome
Metabolome
Workflow
Cyanobacteria
49 Цитирования (Scopus)

ExSPAnder: a universal repeat resolver for DNA fragment assembly

Prjibelski, A. D., Vasilinetc, I., Bankevich, A., Gurevich, A., Krivosheeva, T., Nurk, S., Pham, S., Korobeynikov, A., Lapidus, A. & Pevzner, P. A., 2014, В : Bioinformatics. 30, 12, стр. I293-I301

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

92 Цитирования (Scopus)

HYBRIDSPADES: an algorithm for hybrid assembly of short and long reads

Antipov, D., Korobeynikov, A., McLean, J. S. & Pevzner, P. A., 2016, В : Bioinformatics. 32, 7, 7 стр.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Nanopores
Genome
Technology
Costs and Cost Analysis
Benchmarking
19 Цитирования (Scopus)

Increased diversity of peptidic natural products revealed by modification-tolerant database search of mass spectra

Гуревич, А. А., Михеенко, А. А., Шлемов, А. Ю., Коробейников, А. И., Mohimani, H. & Певзнер, П. А., 1 мар 2018, В : Nature Microbiology. 3, 3, стр. 319 327 стр.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Biological Products
Databases
Metabolomics
Social Networking
Bacteria

IonHammer: Homopolymer-Space Hamming Clustering for IonTorrent Read Error Correction

Ershov, V., Тарасов, А., Lapidus, A. & Korobeynikov, A., 1 фев 2019, В : Journal of Computational Biology. 26, 2, стр. 124-127 4 стр.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

2 Цитирования (Scopus)

Ketoreductase domain dysfunction expands chemodiversity: malyngamide biosynthesis in the cyanobacterium Okeania hirsuta

Moss, N., Leao, T., Rankin, M., McCullough, T. M., Qu, P., Коробейников, А. И., Smith, J. L., Gerwick, L. & Gerwick, W. H., 16 ноя 2018, В : ACS Chemical Biology.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Открытый доступ
Biosynthesis
Biosynthetic Pathways
Cyanobacteria
Genes
Peptide Synthases

MetaMiner: A Scalable Peptidogenomics Approach for Discovery of Ribosomal Peptide Natural Products with Blind Modifications from Microbial Communities

Cao, L., Gurevich, A., Alexander, K. L., Naman, C. B., Leão, T., Glukhov, E., Luzzatto-Knaan, T., Vargas, F., Quinn, R., Bouslimani, A., Nothias, L. F., Singh, N. K., Sanders, J. G., Benitez, R. A. S., Thompson, L. R., Hamid, M. N., Morton, J. T., Mikheenko, A., Shlemov, A., Korobeynikov, A. и 8 др., Friedberg, I., Knight, R., Venkateswaran, K., Gerwick, W. H., Gerwick, L., Dorrestein, P. C., Pevzner, P. A. & Mohimani, H., 18 дек 2019, В : Cell Systems. 9, 6, стр. 600-608.e4 13 стр.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Biological Products
Microbiota
Peptides
Social Networking
Metagenomics
273 Цитирования (Scopus)

MetaSPAdes: A new versatile metagenomic assembler

Nurk, S., Мелешко, Д. А., Korobeynikov, A. & Pevzner, P. A., 1 мая 2017, В : Genome Research. 27, 5, стр. 824-834 11 стр.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Metagenomics
Metagenome
Benchmarking
Diploidy
Population

MGnify: the microbiome analysis resource in 2020

Mitchell, A. L., Almeida, A., Beracochea, M., Boland, M., Burgin, J., Cochrane, G., Crusoe, M. R., Kale, V., Potter, S. C., Richardson, L. J., Sakharova, E., Scheremetjew, M., Korobeynikov, A., Shlemov, A., Kunyavskaya, O., Lapidus, A. & Finn, R. D., 8 янв 2020, В : Nucleic Acids Research. 48, D1, стр. D570-D578 9 стр.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Открытый доступ
Metagenomics
Microbiota
Molecular Sequence Annotation
Protein Databases
Workflow
31 Цитирования (Scopus)

Multivariate and 2D Extensions of Singular Spectrum Analysis with the Rssa Package

Golyandina, N., Korobeynikov, A., Shlemov, A. & Usevich, K., 2015, В : Journal of Statistical Software. 67, 2, 78 стр.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

On the Consistency of ML-estimates for the Special Model of Survival Curves with Incomplete Data

Korobeynikov, A., 2009, Proceedings of 6-th St-Petersburg Workshop on Simulation. Издательство «ВВМ»

Результат исследований: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференцийстатья в сборнике

PathRacer: Racing Profile HMM Paths on Assembly Graph

Shlemov, A. & Korobeynikov, A., 25 мая 2019, 6th International Conference on Algorithms for Computational Biology. Vega-Rodríguez, M. A., Holmes, I. & Martín-Vide, C. (ред.). Springer, стр. 80-94 15 стр. (Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics); том 11488 LNBI).

Результат исследований: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференцийстатья в сборнике материалов конференциинаучнаярецензирование

Hidden Markov models
Markov Model
Path
Genes
Graph in graph theory

PathRacer: racing profile HMM paths on assembly graph

Shlemov, A. & Korobeynikov, A., 8 ноя 2019, В : BMC Bioinformatics. 20, Suppl 17, 1 стр., О10.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхтезисы

Sequence Analysis

Пржибельский, А. Д., Коробейников, А. И. & Лапидус, А. Л., 2019, Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology: Reference Module in Life Sciences. Elsevier, Том 3. стр. 292-322

Результат исследований: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференцийглава/разделнаучнаярецензирование

18 Цитирования (Scopus)

Sequencing Rare Marine Actinomycete Genomes Reveals High Density of Unique Natural Product Biosynthetic Gene Clusters

Schorn, M. A., Alanjary, M. M., Aguinaldo, K., Korobeynikov, A., Podell, S., Patin, N. V., Lincecum, T., Jensen, P. R., Ziemert, N. & Moore, B. S., 2016, В : Microbiology.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

31 Цитирования (Scopus)

Single cell genome analysis of an uncultured heterotrophic stramenopile

Roy, R. S., Price, D. C., Schliep, A., Cai, G., Korobeynikov, A., Yoon, H. S., Yang, E. C. & Bhattacharya, D., 2014, В : Scientific Reports. 4, стр. Art.No.4780

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Singular Spectrum Analysis with R

Golyandina, N., Korobeynikov, A. & Zhigljavsky, A., 2018, Berlin Heidelberg: Springer. 272 стр. (Use R!)

Результат исследований: Книги, отчёты, сборникикнига, в т.ч. монография, учебникнаучнаярецензирование

SPAligner: alignment of long diverged molecular sequences to assembly graphs

Dvorkina, T., Antipov, D., Korobeynikov, A. & Nurk, S., 8 ноя 2019, В : BMC Bioinformatics. 20, Suppl 17, О3.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхтезисы

17 Цитирования (Scopus)

Spongosine production by a vibrio harveyi strain associated with the sponge tectitethya crypta

Bertin, M. J., Schwartz, S. L., Lee, J., Korobeynikov, A., Dorrestein, P. C., Gerwick, L. & Gerwick, W. H., 2015, В : Journal of Natural Products. 78, 3, стр. 493-499

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Arabinofuranosyluracil
Vibrio
Porifera
Non-Steroidal Anti-Inflammatory Agents
Bioactivity
15 Цитирования (Scopus)

The Phormidolide Biosynthetic Gene Cluster: A trans-AT PKS Pathway Encoding a Toxic Macrocyclic Polyketide

Bertin, M. J., Vulpanovici, A., Monroe, E. A., Korobeynikov, A., Sherman, D. H., Gerwick, L. & Gerwick, W. H., 2016, В : Chembiochem : a European journal of chemical biology. 17, 2, 10 стр.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Polyketide Synthases
Polyketides
Acyltransferases
Poisons
Multigene Family

Third international conference "Bioinformatics from Algorithms to Applications" (BiATA 2019)

Korobeynikov, A. & Lapidus, A., 8 ноя 2019, В : BMC Bioinformatics. 20, Suppl 17, 1 стр., 516.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхтезисы

Открытый доступ

Методы и программное обеспечение задач оценивания параметров в специальном случае модели кривых дожития

Коробейников, А. И., 2009, Математические модели. Теория и приложения. Издательство Санкт-Петербургского университета, стр. 28-42

Результат исследований: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференцийстатья в сборнике

Наглядная статистика. Используем R!

Шипунов, А. Б., Балдин, E. М., Волкова, П. А., Коробейников, А. И., Назарова, С. А., Петров, С. В. & Суфиянов, В. Г., 2012, ДМК Пресс. 298 стр.

Результат исследований: Книги, отчёты, сборникиучебное-методическое пособиеучебная

Открытый доступ

Об оценке параметров специальной модели кривой дожития

Барт, А. Г. & Коробейников, А. И., 2007, Математические модели. Теория и приложения. Издательство Санкт-Петербургского университета, стр. 15-25

Результат исследований: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференцийстатья в сборнике