• 1481 всего цитирований публикаций, внесённых в Pure
  • 15 h-индекс по публикациям в Pure
19962020
Если Вы внесли какие-либо изменения в Pure, они скоро будут показаны здесь.

Результаты исследований 1996 2019

2019

BiosyntheticSPAdes: reconstructing biosynthetic gene clusters from assembly graphs

Meleshko, D., Mohimani, H., Tracanna, V., Hajirasouliha, I., Medema, M. H., Korobeynikov, A. & Pevzner, P. A., 1 авг 2019, В : Genome Research. 29, 8, стр. 1352-1362

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Открытый доступ
Multigene Family
Metagenomics
Genome
Microbial Genome
Firearms

CDSnake: Snakemake pipeline for retrieval of annotated OTUs from paired-end reads using CD-HIT utilities

Kondratenko, Y., Korobeynikov, A. & Lapidus, A., 8 ноя 2019, В : BMC Bioinformatics. 20, Suppl 17, стр. 516 P6.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхтезисы

IonHammer: Homopolymer-Space Hamming Clustering for IonTorrent Read Error Correction

Ershov, V., Тарасов, А., Lapidus, A. & Korobeynikov, A., 1 фев 2019, В : Journal of Computational Biology. 26, 2, стр. 124-127 4 стр.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

MetaMiner: A Scalable Peptidogenomics Approach for Discovery of Ribosomal Peptide Natural Products with Blind Modifications from Microbial Communities

Cao, L., Gurevich, A., Alexander, K. L., Naman, C. B., Leão, T., Glukhov, E., TalLuzzatto-Knaan, T., Vargas, F., Quinn, R., Bouslimani, A., Nothias, L. F., Singh, N. K., Sanders, J. G., Benitez, R. A. S., Thompson, L. R., Hamid, M-N., Morton, J. T., Mikheenko, A., Shlemov, A., Korobeynikov, A. и 8 др., Friedberg, I., Knight, R., Venkateswaran, K., Gerwick, W. H., Gerwick, L., Dorrestein, P. C., Pevzner, P. A. & Mohimani, H., 16 окт 2019, В : Cell Systems.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Biological Products
Microbiota
Peptides
Social Networking
Metagenomics

PathRacer: Racing Profile HMM Paths on Assembly Graph

Shlemov, A. & Korobeynikov, A., 25 мая 2019, 6th International Conference on Algorithms for Computational Biology. Vega-Rodríguez, M. A., Holmes, I. & Martín-Vide, C. (ред.). Springer, стр. 80-94 15 стр. (Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics); том 11488 LNBI).

Результат исследований: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференцийстатья в сборнике материалов конференции

Hidden Markov models
Markov Model
Path
Genes
Graph in graph theory

PathRacer: racing profile HMM paths on assembly graph

Shlemov, A. & Korobeynikov, A., 8 ноя 2019, В : BMC Bioinformatics. 20, Suppl 17, 1 стр., О10.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхтезисы

Sequence Analysis

Пржибельский, А. Д., Коробейников, А. И. & Лапидус, А. Л., 2019, Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology: Reference Module in Life Sciences. Elsevier, Том 3. стр. 292-322

Результат исследований: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференцийглава/раздел

SPAligner: alignment of long diverged molecular sequences to assembly graphs

Dvorkina, T., Antipov, D., Korobeynikov, A. & Nurk, S., 8 ноя 2019, В : BMC Bioinformatics. 20, Suppl 17, О3.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхтезисы

Third international conference "Bioinformatics: from Algorithms to Applications" (BiATA 2019) Abstracts

Korobeynikov, A. & Lapidus, A., 8 ноя 2019, В : BMC Bioinformatics. 20, Suppl 17, 1 стр.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхтезисы

2018
2 Цитирования (Scopus)

Autoprobiotics as an Approach for Restoration of Personalised Microbiota

Суворов, А. Н., Карасева, А. Б., Котылева, М. П., Кондратенко, Ю. Д., Лавренова, Н., Коробейников, А. И., Козырев, П. А., Крамская, Т. А., Леонтьева, Г., Кудрявцев, И. В., Guo, D., Лапидус, А. Л. & Ермоленко, Е. И., 12 сен 2018, В : Frontiers in Microbiology. 9, 1869.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Открытый доступ
13 Цитирования (Scopus)

Dereplication of microbial metabolites through database search of mass spectra

Mohimani, H., Гуревич, А. А., Шлемов, А. Ю., Михеенко, А. А., Коробейников, А. И., Cao, L., Щербин, Е., Nothias, L-F., Dorrestein, P. C. & Певзнер, П. А., 1 дек 2018, В : Nature Communications. 9, 1, 12 стр., 4035.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Открытый доступ
metabolites
Metabolites
Biological Products
mass spectra
Databases
15 Цитирования (Scopus)

Increased diversity of peptidic natural products revealed by modification-tolerant database search of mass spectra

Гуревич, А. А., Михеенко, А. А., Шлемов, А. Ю., Коробейников, А. И., Mohimani, H. & Певзнер, П. А., 1 мар 2018, В : Nature Microbiology. 3, 3, стр. 319 327 стр.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Biological Products
Databases
Metabolomics
Social Networking
Bacteria
2 Цитирования (Scopus)

Ketoreductase domain dysfunction expands chemodiversity: malyngamide biosynthesis in the cyanobacterium Okeania hirsuta

Moss, N., Leao, T., Rankin, M., McCullough, T. M., Qu, P., Коробейников, А. И., Smith, J. L., Gerwick, L. & Gerwick, W. H., 16 ноя 2018, В : ACS Chemical Biology.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Открытый доступ
Biosynthesis
Biosynthetic Pathways
Cyanobacteria
Genes
Peptide Synthases

Singular Spectrum Analysis with R

Голяндина, Н. Э., Коробейников, А. И. & Zhigljavsky, A., 2018, Berlin Heidelberg: Springer. 272 стр. (Use R!)

Результат исследований: Книги, отчёты, сборникикнига, в т.ч. монография, учебник

2017
6 Цитирования (Scopus)

A Maldiisotopic Approach to Discover Natural Products: Cryptomaldamide, a Hybrid Tripeptide from the Marine Cyanobacterium Moorea producens

Kinnel, R. B., Esquenazi, E., Leao, T., Moss, N., Mevers, E., Pereira, A. R., Monroe, E. A., Korobeynikov, A., Murray, T. F., Sherman, D., Gerwick, L., Dorrestein, P. C. & Gerwick, W. H., 26 мая 2017, В : Journal of Natural Products. 80, 5, стр. 1514-1521 8 стр.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Cyanobacteria
Biological Products
Genes
Biosynthesis
Amidinotransferases

Assessing the significance of peptide spectrum match scores

Abramova, A. & Korobeynikov, A., 1 авг 2017, 17th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics, WABI 2017. Schloss Dagstuhl- Leibniz-Zentrum fur Informatik GmbH, Dagstuhl Publishing, Том 88. 14. (Leibniz International Proceedings in Informatics, LIPIcs; том 88).

Результат исследований: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференцийстатья в сборнике материалов конференции

Peptides
Antibiotics
Markov processes
Mass spectrometry
Amino acids
20 Цитирования (Scopus)

Comparative genomics uncovers the prolific and distinctive metabolic potential of the cyanobacterial genus Moorea

Leao, T., Castelão, G., Korobeynikov, A., Monroe, E. A., Podell, S., Glukhov, E., Allen, E. E., Gerwick, W. H. & Gerwick, L., 21 мар 2017, В : Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 114, 12, стр. 3198-3203 6 стр.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

genomics
secondary metabolites
genome
Cyanobacteria
multigene family
235 Цитирования (Scopus)

MetaSPAdes: A new versatile metagenomic assembler

Nurk, S., Мелешко, Д. А., Korobeynikov, A. & Pevzner, P. A., 1 мая 2017, В : Genome Research. 27, 5, стр. 824-834 11 стр.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Metagenomics
Metagenome
Benchmarking
Diploidy
Population
2016
6 Цитирования (Scopus)

A novel uncultured heterotrophic bacterial associate of the cyanobacterium Moorea producens JHB

Cummings, S. L., Barbé, D., Leao, T. F., Korobeynikov, A., Engene, N., Glukhov, E., Gerwick, W. H. & Gerwick, L., 2016, В : BMC Microbiology. 16, 1

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Cyanobacteria
Genome
Bacteria
Acidobacteria
Transposases
82 Цитирования (Scopus)

HYBRIDSPADES: an algorithm for hybrid assembly of short and long reads

Antipov, D., Korobeynikov, A., McLean, J. S. & Pevzner, P. A., 2016, В : Bioinformatics. 32, 7, 7 стр.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Nanopores
Genome
Technology
Costs and Cost Analysis
Benchmarking
16 Цитирования (Scopus)

Sequencing Rare Marine Actinomycete Genomes Reveals High Density of Unique Natural Product Biosynthetic Gene Clusters

Schorn, M. A., Alanjary, M. M., Aguinaldo, K., Korobeynikov, A., Podell, S., Patin, N. V., Lincecum, T., Jensen, P. R., Ziemert, N. & Moore, B. S., 2016, В : Microbiology.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

14 Цитирования (Scopus)

The Phormidolide Biosynthetic Gene Cluster: A trans-AT PKS Pathway Encoding a Toxic Macrocyclic Polyketide

Bertin, M. J., Vulpanovici, A., Monroe, E. A., Korobeynikov, A., Sherman, D. H., Gerwick, L. & Gerwick, W. H., 2016, В : Chembiochem : a European journal of chemical biology. 17, 2, 10 стр.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Polyketide Synthases
Polyketides
Acyltransferases
Poisons
Multigene Family
2015
9 Цитирования (Scopus)

Assembling short reads from jumping libraries with large insert sizes

Vasilinetc, I., Prjibelski, A. D., Gurevich, A., Korobeynikov, A. & Pevzner, P. A., 2015, В : Bioinformatics. 31, 20, стр. 3262-3268

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Libraries
Bacterial Genomes
Sequencing
Preparation
Genome
67 Цитирования (Scopus)

Combining Mass Spectrometric Metabolic Profiling with Genomic Analysis: A Powerful Approach for Discovering Natural Products from Cyanobacteria

Kleigrewe, K., Almaliti, J., Tian, I. Y., Kinnel, R. B., Korobeynikov, A., Monroe, E. A., Duggan, B. M., Di Marzo, V., Sherman, D. H., Dorrestein, P. C., Gerwick, L. & Gerwick, W. H., 2015, В : Journal of Natural Products. 78, 7, стр. 1671-1682

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Cyanobacteria
Biological Products
Genes
Genome
Multigene Family
13 Цитирования (Scopus)

Expanding the Described Metabolome of the Marine Cyanobacterium Moorea producens JHB through Orthogonal Natural Products Workflows

Boudreau, P. D., Monroe, E. A., Mehrotra, S., Desfor, S., Korobeynikov, A., Sherman, D. H., Murray, T. F., Gerwick, L., Dorrestein, P. C. & Gerwick, W. H., 2015, В : PLoS ONE. 10, 7

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Moorea producens
metabolome
Metabolome
Workflow
Cyanobacteria
28 Цитирования (Scopus)

Multivariate and 2D Extensions of Singular Spectrum Analysis with the Rssa Package

Golyandina, N., Korobeynikov, A., Shlemov, A. & Usevich, K., 2015, В : Journal of Statistical Software. 67, 2, 78 стр.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

17 Цитирования (Scopus)

Spongosine production by a vibrio harveyi strain associated with the sponge tectitethya crypta

Bertin, M. J., Schwartz, S. L., Lee, J., Korobeynikov, A., Dorrestein, P. C., Gerwick, L. & Gerwick, W. H., 2015, В : Journal of Natural Products. 78, 3, стр. 493-499

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Arabinofuranosyluracil
Vibrio
Porifera
Non-Steroidal Anti-Inflammatory Agents
Bioactivity
2014
62 Цитирования (Scopus)

Basic Singular Spectrum Analysis and forecasting with R

Golyandina, N. & Korobeynikov, A., 2014, В : Computational Statistics and Data Analysis. 71, стр. 934-954

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

70 Цитирования (Scopus)

Characterization of Cyanobacterial Hydrocarbon Composition and Distribution of Biosynthetic Pathways

Coates, R. C., Podell, S., Korobeynikov, A., Lapidus, A., Pevzner, P., Sherman, D. H., Allen, E. E., Gerwick, L. & Gerwick, W. H., 2014, В : PLoS ONE. 9, 1, стр. e85140

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

47 Цитирования (Scopus)

ExSPAnder: a universal repeat resolver for DNA fragment assembly

Prjibelski, A. D., Vasilinetc, I., Bankevich, A., Gurevich, A., Krivosheeva, T., Nurk, S., Pham, S., Korobeynikov, A., Lapidus, A. & Pevzner, P. A., 2014, В : Bioinformatics. 30, 12, стр. I293-I301

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

31 Цитирования (Scopus)

Single cell genome analysis of an uncultured heterotrophic stramenopile

Roy, R. S., Price, D. C., Schliep, A., Cai, G., Korobeynikov, A., Yoon, H. S., Yang, E. C. & Bhattacharya, D., 2014, В : Scientific Reports. 4, стр. Art.No.4780

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

2013
151 Цитирования (Scopus)

Assembling Genomes and mini-metagenomes from highly chimeric reads

Nurk, S., Bankevich, A., Antipov, D., Gurevich, A., Korobeynikov, A., Lapidus, A., Prjibelsky, A., Pyshkin, A., Sirotkin, A., Sirotkin, Y., Stepanauskas, R., McLean, J., Lasken, R., Clingenpeel, S. R., Woyke, T., Tesler, G., Alekseyev, M. A. & Pevzner, P. A., 2013, Research in Computational Molecular Biology - 17th Annual International Conference, RECOMB 2013, Beijing, China, April 7-10, 2013. Proceedings. Lecture Notes in Computer Science 7821. стр. 158-170

Результат исследований: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференцийстатья в сборнике материалов конференции

404 Цитирования (Scopus)

Assembling Single-Cell Genomes and Mini-Metagenomes From Chimeric MDA Products

Nurk, S., Bankevich, A., Antipov, D., Gurevich, A. A., Korobeynikov, A., Lapidus, A., Prjibelski, A. D., Pyshkin, A., Sirotkin, A., Sirotkin, Y., Stepanauskas, R., Clingenpeel, S. R., Woyke, T., McLean, J. S., Lasken, R., Tesler, G., Alekseyev, M. A. & Pevzner, P. A., 2013, В : Journal of Computational Biology. 20, 10, стр. 714-737

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

153 Цитирования (Scopus)

BayesHammer: Bayesian clustering for error correction in single-cell sequencing

Nikolenko, S. I., Korobeynikov, A. I. & Alekseyev, M. A., 2013, В : BMC Genomics. 14, S7, стр. 1-11

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

2012

Consistency of Parametric MLE Under Mixed Case Interval Censoring

Korobeynikov, A., 2012, В : Communications in Statistics Part B: Simulation and Computation. 41, 7, стр. 1083-1092

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Interval Censoring
Maximum likelihood estimation
Inspection
Maximum likelihood
Parametric Model

Наглядная статистика. Используем R!

Шипунов, А. Б., Балдин, E. М., Волкова, П. А., Коробейников, А. И., Назарова, С. А., Петров, С. В. & Суфиянов, В. Г., 2012, ДМК Пресс. 298 стр.

Результат исследований: Книги, отчёты, сборникиучебное-методическое пособие

Открытый доступ
2010

Computation- and space-efficient implementation of SSA

Korobeynikov, A., 2010, В : Statistics and its Interface. 3, 3, стр. 357-368

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

2009

On the Consistency of ML-estimates for the Special Model of Survival Curves with Incomplete Data

Korobeynikov, A., 2009, Proceedings of 6-th St-Petersburg Workshop on Simulation. Издательство «ВВМ»

Результат исследований: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференцийстатья в сборнике

Методы и программное обеспечение задач оценивания параметров в специальном случае модели кривых дожития

Коробейников, А. И., 2009, Математические модели. Теория и приложения. Издательство Санкт-Петербургского университета, стр. 28-42

Результат исследований: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференцийстатья в сборнике

2008
18 Цитирования (Scopus)

Estimation of Ion-Site Association Constants in Ion-selective Electrode Membranes by Modified Segmented Sandwich Membrane Method

Михельсон, К. Н., Пешкова, М. А. & Коробейников, А. И., 2008, В : Electrochimica Acta. 53, 19, стр. 5819-5826 7 стр.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

2007

Об оценке параметров специальной модели кривой дожития

Барт, А. Г. & Коробейников, А. И., 2007, Математические модели. Теория и приложения. Издательство Санкт-Петербургского университета, стр. 15-25

Результат исследований: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференцийстатья в сборнике

1996

Pulaskite find in the Khibiny alkalic pluton: new evidence of its multiseries structure

Korobeynikov, A. N. & Arzamastsev, A. A., 1 апр 1996, В : Transactions (Doklady) of the Russian Academy of Sciences. Earth science sections.. 341 A, 3, стр. 122-126 5 стр.

Результат исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатья

syenite
gravity anomaly
pluton
Gravitation
Rocks